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Cluster: HRGMv2_1905_CGC27

🧬 Cluster Details

Gene Type Contig ID Protein ID Start Stop Direction Protein Family
TC HRGMv2_1905_31 HRGMv2_1905_31_8 6053 6700 + 2.A.115.2.8
pfam HRGMv2_1905_31 HRGMv2_1905_31_9 6710 7138 - VanZ
TF HRGMv2_1905_31 HRGMv2_1905_31_10 7362 8075 + GntR
TC HRGMv2_1905_31 HRGMv2_1905_31_11 8207 9502 + 4.A.3.2.8
NULL(UNKNOWN) HRGMv2_1905_31 HRGMv2_1905_31_12 9724 11442 + NULL(UNKNOWN)
[View Structural Homologs]
CAZyme HRGMv2_1905_31 HRGMv2_1905_31_13 11511 12929 - GH1
CAZyme HRGMv2_1905_31 HRGMv2_1905_31_14 13018 14436 - GH1
pfam HRGMv2_1905_31 HRGMv2_1905_31_15 14711 15829 + APH
pfam HRGMv2_1905_31 HRGMv2_1905_31_16 15871 16254 + DUF2500
TC HRGMv2_1905_31 HRGMv2_1905_31_17 16267 18132 - 3.A.1.120.6
Gene ID: HRGMv2_1905_31_8
Type: TC
Location: 6053 - 6700 (+)
Gene ID: HRGMv2_1905_31_9
Type: pfam
Location: 6710 - 7138 (-)
Gene ID: HRGMv2_1905_31_10
Type: TF
Location: 7362 - 8075 (+)
Gene ID: HRGMv2_1905_31_11
Type: TC
Location: 8207 - 9502 (+)
Gene ID: HRGMv2_1905_31_12
Type:
Location: 9724 - 11442 (+)
Gene ID: HRGMv2_1905_31_13
Type: CAZyme
Location: 11511 - 12929 (-)
Gene ID: HRGMv2_1905_31_14
Type: CAZyme
Location: 13018 - 14436 (-)
Gene ID: HRGMv2_1905_31_15
Type: pfam
Location: 14711 - 15829 (+)
Gene ID: HRGMv2_1905_31_16
Type: pfam
Location: 15871 - 16254 (+)
Gene ID: HRGMv2_1905_31_17
Type: TC
Location: 16267 - 18132 (-)

Taxonomic Lineage

Gene Level Read Mapping

  • Diet (De Filippis et al., 2019)
  • Diet (Huang et al., 2024)
  • IBD (Lloyd-Price et al., 2019)

Gene level read mapping in Diet Intervention Studies (De Filippis et al., 2019)

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Differentially Abundant Genes

Gene ID Condition Pair log2FC FDR P-value
HRGMv2_1905_31_14 vegan > omnivore 1.63054 0.00396

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