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Cluster: HRGMv2_4190_CGC17

🧬 Cluster Details

Gene Type Contig ID Protein ID Start Stop Direction Protein Family
TC HRGMv2_4190_31 HRGMv2_4190_31_3 1955 3424 + 2.A.35.1.1
STP HRGMv2_4190_31 HRGMv2_4190_31_4 3433 4614 + Aminotran_1_2
TC HRGMv2_4190_31 HRGMv2_4190_31_5 4673 5410 - 3.A.1.3.21
TC HRGMv2_4190_31 HRGMv2_4190_31_6 5391 6047 - 3.A.1.3.10
TC HRGMv2_4190_31 HRGMv2_4190_31_7 6044 6712 - 3.A.1.3.6
STP HRGMv2_4190_31 HRGMv2_4190_31_8 6723 7508 - SBP_bac_3
TC HRGMv2_4190_31 HRGMv2_4190_31_9 7720 9192 - 2.A.39.3.4
TF HRGMv2_4190_31 HRGMv2_4190_31_10 9347 10063 + GntR
pfam HRGMv2_4190_31 HRGMv2_4190_31_11 10056 10793 + Asp_Glu_race
CAZyme HRGMv2_4190_31 HRGMv2_4190_31_12 10823 11767 + CE4
Gene ID: HRGMv2_4190_31_3
Type: TC
Location: 1955 - 3424 (+)
Gene ID: HRGMv2_4190_31_4
Type: STP
Location: 3433 - 4614 (+)
Gene ID: HRGMv2_4190_31_5
Type: TC
Location: 4673 - 5410 (-)
Gene ID: HRGMv2_4190_31_6
Type: TC
Location: 5391 - 6047 (-)
Gene ID: HRGMv2_4190_31_7
Type: TC
Location: 6044 - 6712 (-)
Gene ID: HRGMv2_4190_31_8
Type: STP
Location: 6723 - 7508 (-)
Gene ID: HRGMv2_4190_31_9
Type: TC
Location: 7720 - 9192 (-)
Gene ID: HRGMv2_4190_31_10
Type: TF
Location: 9347 - 10063 (+)
Gene ID: HRGMv2_4190_31_11
Type: pfam
Location: 10056 - 10793 (+)
Gene ID: HRGMv2_4190_31_12
Type: CAZyme
Location: 10823 - 11767 (+)

Taxonomic Lineage

Gene Level Read Mapping

  • Diet (De Filippis et al., 2019)
  • Diet (Huang et al., 2024)
  • IBD (Lloyd-Price et al., 2019)

Gene level read mapping in Diet Intervention Studies (De Filippis et al., 2019)

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No differentially abundant genes found in the 2019 study.

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