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Cluster: HRGMv2_3185_CGC29

🧬 Cluster Details

Gene Type Contig ID Protein ID Start Stop Direction Protein Family
TC HRGMv2_3185_11 HRGMv2_3185_11_19 23321 24289 + 3.A.1.1.10
TC HRGMv2_3185_11 HRGMv2_3185_11_20 24309 25205 + 3.A.1.1.10
CAZyme HRGMv2_3185_11 HRGMv2_3185_11_21 25221 26390 + GH33
TC HRGMv2_3185_11 HRGMv2_3185_11_22 26592 27914 - 2.A.56.1.5
pfam HRGMv2_3185_11 HRGMv2_3185_11_23 27916 28440 - DctQ
TC HRGMv2_3185_11 HRGMv2_3185_11_24 28550 29653 - 2.A.56.1.1
TC HRGMv2_3185_11 HRGMv2_3185_11_25 29936 30976 - 2.A.56.1.2
TF HRGMv2_3185_11 HRGMv2_3185_11_26 30973 31767 - HTH_AraC | HTH_AraC
TC HRGMv2_3185_11 HRGMv2_3185_11_27 31760 33286 - 8.A.59.2.1
Gene ID: HRGMv2_3185_11_19
Type: TC
Location: 23321 - 24289 (+)
Gene ID: HRGMv2_3185_11_20
Type: TC
Location: 24309 - 25205 (+)
Gene ID: HRGMv2_3185_11_21
Type: CAZyme
Location: 25221 - 26390 (+)
Gene ID: HRGMv2_3185_11_22
Type: TC
Location: 26592 - 27914 (-)
Gene ID: HRGMv2_3185_11_23
Type: pfam
Location: 27916 - 28440 (-)
Gene ID: HRGMv2_3185_11_24
Type: TC
Location: 28550 - 29653 (-)
Gene ID: HRGMv2_3185_11_25
Type: TC
Location: 29936 - 30976 (-)
Gene ID: HRGMv2_3185_11_26
Type: TF
Location: 30973 - 31767 (-)
Gene ID: HRGMv2_3185_11_27
Type: TC
Location: 31760 - 33286 (-)

Taxonomic Lineage

Gene Level Read Mapping

  • Diet (De Filippis et al., 2019)
  • Diet (Huang et al., 2024)
  • IBD (Lloyd-Price et al., 2019)

Gene level read mapping in Diet Intervention Studies (De Filippis et al., 2019)

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Differentially Abundant Genes

Gene ID Condition Pair log2FC FDR P-value
HRGMv2_3185_11_21 vegan > omnivore 1.83787 0.00290

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