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Cluster: HRGMv2_3132_CGC1

🧬 Cluster Details

Gene Type Contig ID Protein ID Start Stop Direction Protein Family
TC HRGMv2_3132_1 HRGMv2_3132_1_98 98979 100031 - 2.A.20.1.5
pfam HRGMv2_3132_1 HRGMv2_3132_1_99 100381 102960 - GTP_EFTU | EFG_C | EFG_IV | NYN_YacP | EFG_III
TF HRGMv2_3132_1 HRGMv2_3132_1_100 103150 103965 + MerR
TC HRGMv2_3132_1 HRGMv2_3132_1_101 104186 105631 + 2.A.118.1.4
peptidase HRGMv2_3132_1 HRGMv2_3132_1_102 105710 106903 + M20.UPD
CAZyme HRGMv2_3132_1 HRGMv2_3132_1_103 107094 108083 + GT2
pfam HRGMv2_3132_1 HRGMv2_3132_1_104 108438 109208 - adh_short | KR | adh_short_C2 | SDR
STP HRGMv2_3132_1 HRGMv2_3132_1_105 109265 110305 - Peripla_BP_1
TC HRGMv2_3132_1 HRGMv2_3132_1_106 110385 111332 - 3.A.1.2.15
TC HRGMv2_3132_1 HRGMv2_3132_1_107 111334 112302 - 3.A.1.2.21
TC HRGMv2_3132_1 HRGMv2_3132_1_108 112304 113815 - 3.A.1.2.1
Gene ID: HRGMv2_3132_1_98
Type: TC
Location: 98979 - 100031 (-)
Gene ID: HRGMv2_3132_1_99
Type: pfam
Location: 100381 - 102960 (-)
Gene ID: HRGMv2_3132_1_100
Type: TF
Location: 103150 - 103965 (+)
Gene ID: HRGMv2_3132_1_101
Type: TC
Location: 104186 - 105631 (+)
Gene ID: HRGMv2_3132_1_102
Type: peptidase
Location: 105710 - 106903 (+)
Gene ID: HRGMv2_3132_1_103
Type: CAZyme
Location: 107094 - 108083 (+)
Gene ID: HRGMv2_3132_1_104
Type: pfam
Location: 108438 - 109208 (-)
Gene ID: HRGMv2_3132_1_105
Type: STP
Location: 109265 - 110305 (-)
Gene ID: HRGMv2_3132_1_106
Type: TC
Location: 110385 - 111332 (-)
Gene ID: HRGMv2_3132_1_107
Type: TC
Location: 111334 - 112302 (-)
Gene ID: HRGMv2_3132_1_108
Type: TC
Location: 112304 - 113815 (-)

Taxonomic Lineage

Gene Level Read Mapping

  • Diet (De Filippis et al., 2019)
  • Diet (Huang et al., 2024)
  • IBD (Lloyd-Price et al., 2019)

Gene level read mapping in Diet Intervention Studies (De Filippis et al., 2019)

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No differentially abundant genes found in the 2019 study.

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