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Cluster: HRGMv2_3101_CGC19

🧬 Cluster Details

Gene Type Contig ID Protein ID Start Stop Direction Protein Family
TC HRGMv2_3101_108 HRGMv2_3101_108_4 2705 4225 + 3.A.1.211.12
pfam HRGMv2_3101_108 HRGMv2_3101_108_5 4213 5040 + ABC2_membrane | ABC2_membrane_3
TC HRGMv2_3101_108 HRGMv2_3101_108_6 5104 6090 - 8.A.5.1.3
CAZyme HRGMv2_3101_108 HRGMv2_3101_108_7 6165 7625 - GH51_1
CAZyme HRGMv2_3101_108 HRGMv2_3101_108_8 7646 9802 - GH112
CAZyme HRGMv2_3101_108 HRGMv2_3101_108_9 9871 11520 - CE12
CAZyme HRGMv2_3101_108 HRGMv2_3101_108_10 11603 12652 - GH105
STP HRGMv2_3101_108 HRGMv2_3101_108_11 12876 14555 - SBP_bac_1
TC HRGMv2_3101_108 HRGMv2_3101_108_12 14632 15564 - 3.A.1.1.29
TC HRGMv2_3101_108 HRGMv2_3101_108_13 15581 16531 - 3.A.1.1.10
TF HRGMv2_3101_108 HRGMv2_3101_108_14 16978 17961 + HTH_AraC | HTH_AraC
CAZyme HRGMv2_3101_108 HRGMv2_3101_108_15 17983 19326 + GH28
NULL(UNKNOWN) HRGMv2_3101_108 HRGMv2_3101_108_16 19319 19984 + NULL(UNKNOWN)
[View Structural Homologs]
CAZyme HRGMv2_3101_108 HRGMv2_3101_108_17 19997 22024 + GH115
Gene ID: HRGMv2_3101_108_4
Type: TC
Location: 2705 - 4225 (+)
Gene ID: HRGMv2_3101_108_5
Type: pfam
Location: 4213 - 5040 (+)
Gene ID: HRGMv2_3101_108_6
Type: TC
Location: 5104 - 6090 (-)
Gene ID: HRGMv2_3101_108_7
Type: CAZyme
Location: 6165 - 7625 (-)
Gene ID: HRGMv2_3101_108_8
Type: CAZyme
Location: 7646 - 9802 (-)
Gene ID: HRGMv2_3101_108_9
Type: CAZyme
Location: 9871 - 11520 (-)
Gene ID: HRGMv2_3101_108_10
Type: CAZyme
Location: 11603 - 12652 (-)
Gene ID: HRGMv2_3101_108_11
Type: STP
Location: 12876 - 14555 (-)
Gene ID: HRGMv2_3101_108_12
Type: TC
Location: 14632 - 15564 (-)
Gene ID: HRGMv2_3101_108_13
Type: TC
Location: 15581 - 16531 (-)
Gene ID: HRGMv2_3101_108_14
Type: TF
Location: 16978 - 17961 (+)
Gene ID: HRGMv2_3101_108_15
Type: CAZyme
Location: 17983 - 19326 (+)
Gene ID: HRGMv2_3101_108_16
Type:
Location: 19319 - 19984 (+)
Gene ID: HRGMv2_3101_108_17
Type: CAZyme
Location: 19997 - 22024 (+)

Taxonomic Lineage

Domain
Bacteria
→
Phylum
Bacillota_A
→
Class
Clostridia
→
Order
Oscillospirales
→
Family
Ruminococcaceae
→
Genus
Gemmiger
→
Species
Gemmiger avicola

Gene Level Read Mapping

  • Diet (De Filippis et al., 2019)
  • Diet (Huang et al., 2024)
  • IBD (Lloyd-Price et al., 2019)

Gene level read mapping in Diet Intervention Studies (De Filippis et al., 2019)

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Differentially Abundant Genes

Gene ID Condition Pair log2FC FDR P-value
HRGMv2_3101_108_10 vegetarian > omnivore 1.02447 0.01287
HRGMv2_3101_108_12 vegan > omnivore 1.37794 0.04034
HRGMv2_3101_108_13 vegan > omnivore 1.26271 0.04034

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