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Cluster: HRGMv2_3101_CGC15

🧬 Cluster Details

Gene Type Contig ID Protein ID Start Stop Direction Protein Family
TC HRGMv2_3101_62 HRGMv2_3101_62_8 9449 10420 + 3.A.1.1.10
TC HRGMv2_3101_62 HRGMv2_3101_62_9 10433 11398 + 3.A.1.1.29
pfam HRGMv2_3101_62 HRGMv2_3101_62_10 11474 12994 + DUF3502
pfam HRGMv2_3101_62 HRGMv2_3101_62_11 13297 15681 + Glyco_hydro_38N
CAZyme HRGMv2_3101_62 HRGMv2_3101_62_12 15694 16683 + GH130_2
CAZyme HRGMv2_3101_62 HRGMv2_3101_62_13 16985 20137 + GH38
CAZyme HRGMv2_3101_62 HRGMv2_3101_62_14 20555 22414 + GH20
pfam HRGMv2_3101_62 HRGMv2_3101_62_15 22433 23704 + MFS_1
CAZyme HRGMv2_3101_62 HRGMv2_3101_62_16 23833 26439 + GH3
Gene ID: HRGMv2_3101_62_8
Type: TC
Location: 9449 - 10420 (+)
Gene ID: HRGMv2_3101_62_9
Type: TC
Location: 10433 - 11398 (+)
Gene ID: HRGMv2_3101_62_10
Type: pfam
Location: 11474 - 12994 (+)
Gene ID: HRGMv2_3101_62_11
Type: pfam
Location: 13297 - 15681 (+)
Gene ID: HRGMv2_3101_62_12
Type: CAZyme
Location: 15694 - 16683 (+)
Gene ID: HRGMv2_3101_62_13
Type: CAZyme
Location: 16985 - 20137 (+)
Gene ID: HRGMv2_3101_62_14
Type: CAZyme
Location: 20555 - 22414 (+)
Gene ID: HRGMv2_3101_62_15
Type: pfam
Location: 22433 - 23704 (+)
Gene ID: HRGMv2_3101_62_16
Type: CAZyme
Location: 23833 - 26439 (+)

Taxonomic Lineage

Domain
Bacteria
→
Phylum
Bacillota_A
→
Class
Clostridia
→
Order
Oscillospirales
→
Family
Ruminococcaceae
→
Genus
Gemmiger
→
Species
Gemmiger avicola

Gene Level Read Mapping

  • Diet (De Filippis et al., 2019)
  • Diet (Huang et al., 2024)
  • IBD (Lloyd-Price et al., 2019)

Gene level read mapping in Diet Intervention Studies (De Filippis et al., 2019)

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No differentially abundant genes found in the 2019 study.

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