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Cluster: HRGMv2_2720_CGC4

🧬 Cluster Details

Gene Type Contig ID Protein ID Start Stop Direction Protein Family
CAZyme HRGMv2_2720_2 HRGMv2_2720_2_95 111267 112256 - GT2
CAZyme HRGMv2_2720_2 HRGMv2_2720_2_96 112295 114568 - GT4
TF HRGMv2_2720_2 HRGMv2_2720_2_97 114846 115667 + HTH_AraC
CAZyme HRGMv2_2720_2 HRGMv2_2720_2_98 115819 118479 + GH59
TC HRGMv2_2720_2 HRGMv2_2720_2_99 118494 119819 + 2.A.66.1.33
TF HRGMv2_2720_2 HRGMv2_2720_2_100 119970 120956 + LacI
TC HRGMv2_2720_2 HRGMv2_2720_2_101 121138 123075 + 4.A.1.2.12
CAZyme HRGMv2_2720_2 HRGMv2_2720_2_102 123139 124509 + GH32
STP HRGMv2_2720_2 HRGMv2_2720_2_103 124524 125477 + PfkB
TC HRGMv2_2720_2 HRGMv2_2720_2_104 125745 127241 + 2.A.22.5.3
NULL(UNKNOWN) HRGMv2_2720_2 HRGMv2_2720_2_105 127323 127439 + NULL(UNKNOWN)
[View Structural Homologs]
TC HRGMv2_2720_2 HRGMv2_2720_2_106 127604 129874 + 3.A.1.135.5
pfam HRGMv2_2720_2 HRGMv2_2720_2_107 129892 130434 + DUF1854
TC HRGMv2_2720_2 HRGMv2_2720_2_108 130469 132649 + 3.A.1.106.3
TC HRGMv2_2720_2 HRGMv2_2720_2_109 132809 134008 + 2.A.36.2.1
TC HRGMv2_2720_2 HRGMv2_2720_2_110 134091 135845 - 3.A.1.106.1
TC HRGMv2_2720_2 HRGMv2_2720_2_111 135848 137623 - 3.A.1.21.1
TF HRGMv2_2720_2 HRGMv2_2720_2_112 137643 138593 - HTH_AraC
TC HRGMv2_2720_2 HRGMv2_2720_2_113 138809 140362 - 2.A.15.1.11
Gene ID: HRGMv2_2720_2_95
Type: CAZyme
Location: 111267 - 112256 (-)
Gene ID: HRGMv2_2720_2_96
Type: CAZyme
Location: 112295 - 114568 (-)
Gene ID: HRGMv2_2720_2_97
Type: TF
Location: 114846 - 115667 (+)
Gene ID: HRGMv2_2720_2_98
Type: CAZyme
Location: 115819 - 118479 (+)
Gene ID: HRGMv2_2720_2_99
Type: TC
Location: 118494 - 119819 (+)
Gene ID: HRGMv2_2720_2_100
Type: TF
Location: 119970 - 120956 (+)
Gene ID: HRGMv2_2720_2_101
Type: TC
Location: 121138 - 123075 (+)
Gene ID: HRGMv2_2720_2_102
Type: CAZyme
Location: 123139 - 124509 (+)
Gene ID: HRGMv2_2720_2_103
Type: STP
Location: 124524 - 125477 (+)
Gene ID: HRGMv2_2720_2_104
Type: TC
Location: 125745 - 127241 (+)
Gene ID: HRGMv2_2720_2_105
Type:
Location: 127323 - 127439 (+)
Gene ID: HRGMv2_2720_2_106
Type: TC
Location: 127604 - 129874 (+)
Gene ID: HRGMv2_2720_2_107
Type: pfam
Location: 129892 - 130434 (+)
Gene ID: HRGMv2_2720_2_108
Type: TC
Location: 130469 - 132649 (+)
Gene ID: HRGMv2_2720_2_109
Type: TC
Location: 132809 - 134008 (+)
Gene ID: HRGMv2_2720_2_110
Type: TC
Location: 134091 - 135845 (-)
Gene ID: HRGMv2_2720_2_111
Type: TC
Location: 135848 - 137623 (-)
Gene ID: HRGMv2_2720_2_112
Type: TF
Location: 137643 - 138593 (-)
Gene ID: HRGMv2_2720_2_113
Type: TC
Location: 138809 - 140362 (-)

Taxonomic Lineage

Gene Level Read Mapping

  • Diet (De Filippis et al., 2019)
  • Diet (Huang et al., 2024)
  • IBD (Lloyd-Price et al., 2019)

Gene level read mapping in Diet Intervention Studies (De Filippis et al., 2019)

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No differentially abundant genes found in the 2019 study.

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