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Cluster: HRGMv2_2618_CGC26

🧬 Cluster Details

Gene Type Contig ID Protein ID Start Stop Direction Protein Family
TC HRGMv2_2618_31 HRGMv2_2618_31_6 3148 4476 + 2.A.6.4.2
TC HRGMv2_2618_31 HRGMv2_2618_31_7 4476 5417 + 2.A.6.4.2
pfam HRGMv2_2618_31 HRGMv2_2618_31_8 5468 5824 - SpoVAC_SpoVAEB
TC HRGMv2_2618_31 HRGMv2_2618_31_9 5860 6870 - 9.A.11.1.1
TC HRGMv2_2618_31 HRGMv2_2618_31_10 6873 7325 - 9.A.11.1.1
pfam HRGMv2_2618_31 HRGMv2_2618_31_11 7444 7608 + DUF896
TF HRGMv2_2618_31 HRGMv2_2618_31_12 7852 10110 + HTH_AraC
CAZyme HRGMv2_2618_31 HRGMv2_2618_31_13 10114 11265 + GH88
TC HRGMv2_2618_31 HRGMv2_2618_31_14 11454 13022 + 3.A.1.1.10
TC HRGMv2_2618_31 HRGMv2_2618_31_15 13048 14016 + 3.A.1.1.10
TC HRGMv2_2618_31 HRGMv2_2618_31_16 14030 14887 + 3.A.1.1.29
CAZyme HRGMv2_2618_31 HRGMv2_2618_31_17 14912 19030 + CBM32 | PL8
Gene ID: HRGMv2_2618_31_6
Type: TC
Location: 3148 - 4476 (+)
Gene ID: HRGMv2_2618_31_7
Type: TC
Location: 4476 - 5417 (+)
Gene ID: HRGMv2_2618_31_8
Type: pfam
Location: 5468 - 5824 (-)
Gene ID: HRGMv2_2618_31_9
Type: TC
Location: 5860 - 6870 (-)
Gene ID: HRGMv2_2618_31_10
Type: TC
Location: 6873 - 7325 (-)
Gene ID: HRGMv2_2618_31_11
Type: pfam
Location: 7444 - 7608 (+)
Gene ID: HRGMv2_2618_31_12
Type: TF
Location: 7852 - 10110 (+)
Gene ID: HRGMv2_2618_31_13
Type: CAZyme
Location: 10114 - 11265 (+)
Gene ID: HRGMv2_2618_31_14
Type: TC
Location: 11454 - 13022 (+)
Gene ID: HRGMv2_2618_31_15
Type: TC
Location: 13048 - 14016 (+)
Gene ID: HRGMv2_2618_31_16
Type: TC
Location: 14030 - 14887 (+)
Gene ID: HRGMv2_2618_31_17
Type: CAZyme
Location: 14912 - 19030 (+)

Taxonomic Lineage

Gene Level Read Mapping

  • Diet (De Filippis et al., 2019)
  • Diet (Huang et al., 2024)
  • IBD (Lloyd-Price et al., 2019)

Gene level read mapping in Diet Intervention Studies (De Filippis et al., 2019)

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No differentially abundant genes found in the 2019 study.

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