dbCAN Logo

Cluster: HRGMv2_2501_CGC4

🧬 Cluster Details

Gene Type Contig ID Protein ID Start Stop Direction Protein Family
CAZyme HRGMv2_2501_11 HRGMv2_2501_11_6 4657 6267 + GH13_31
TC HRGMv2_2501_11 HRGMv2_2501_11_7 6437 8404 + 3.A.1.5.25
TC HRGMv2_2501_11 HRGMv2_2501_11_8 8552 10513 + 3.A.1.5.19
pfam HRGMv2_2501_11 HRGMv2_2501_11_9 10705 12150 + DNA_PPF | LytR_cpsA_psr
pfam HRGMv2_2501_11 HRGMv2_2501_11_10 12152 12883 + CpsB_CapC
TC HRGMv2_2501_11 HRGMv2_2501_11_11 12892 13584 + 8.A.3.2.3
TC HRGMv2_2501_11 HRGMv2_2501_11_12 13594 14277 + 8.A.3.2.2
TC HRGMv2_2501_11 HRGMv2_2501_11_13 14300 15667 + 9.B.18.1.2
CAZyme HRGMv2_2501_11 HRGMv2_2501_11_14 15696 16868 + GT4
CAZyme HRGMv2_2501_11 HRGMv2_2501_11_15 16872 18023 + GT4
NULL(UNKNOWN) HRGMv2_2501_11 HRGMv2_2501_11_16 18032 19033 + NULL(UNKNOWN)
[View Structural Homologs]
pfam HRGMv2_2501_11 HRGMv2_2501_11_17 19048 20049 + Stealth_CR2 | Stealth_CR1 | Stealth_CR3
CAZyme HRGMv2_2501_11 HRGMv2_2501_11_18 20083 21051 + GT2
NULL(UNKNOWN) HRGMv2_2501_11 HRGMv2_2501_11_19 21089 22249 + NULL(UNKNOWN)
[View Structural Homologs]
TC HRGMv2_2501_11 HRGMv2_2501_11_20 22246 23658 + 2.A.66.2.16
Gene ID: HRGMv2_2501_11_6
Type: CAZyme
Location: 4657 - 6267 (+)
Gene ID: HRGMv2_2501_11_7
Type: TC
Location: 6437 - 8404 (+)
Gene ID: HRGMv2_2501_11_8
Type: TC
Location: 8552 - 10513 (+)
Gene ID: HRGMv2_2501_11_9
Type: pfam
Location: 10705 - 12150 (+)
Gene ID: HRGMv2_2501_11_10
Type: pfam
Location: 12152 - 12883 (+)
Gene ID: HRGMv2_2501_11_11
Type: TC
Location: 12892 - 13584 (+)
Gene ID: HRGMv2_2501_11_12
Type: TC
Location: 13594 - 14277 (+)
Gene ID: HRGMv2_2501_11_13
Type: TC
Location: 14300 - 15667 (+)
Gene ID: HRGMv2_2501_11_14
Type: CAZyme
Location: 15696 - 16868 (+)
Gene ID: HRGMv2_2501_11_15
Type: CAZyme
Location: 16872 - 18023 (+)
Gene ID: HRGMv2_2501_11_16
Type:
Location: 18032 - 19033 (+)
Gene ID: HRGMv2_2501_11_17
Type: pfam
Location: 19048 - 20049 (+)
Gene ID: HRGMv2_2501_11_18
Type: CAZyme
Location: 20083 - 21051 (+)
Gene ID: HRGMv2_2501_11_19
Type:
Location: 21089 - 22249 (+)
Gene ID: HRGMv2_2501_11_20
Type: TC
Location: 22246 - 23658 (+)

Taxonomic Lineage

Gene Level Read Mapping

  • Diet (De Filippis et al., 2019)
  • Diet (Huang et al., 2024)
  • IBD (Lloyd-Price et al., 2019)

Gene level read mapping in Diet Intervention Studies (De Filippis et al., 2019)

Loading chart...

No differentially abundant genes found in the 2019 study.

🧭 Explore Read Mapping of CGC

← Back to Cluster List