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Cluster: HRGMv2_2222_CGC1

🧬 Cluster Details

Gene Type Contig ID Protein ID Start Stop Direction Protein Family
CAZyme HRGMv2_2222_1 HRGMv2_2222_1_50 60532 62685 + CBM61 | GH53
TF HRGMv2_2222_1 HRGMv2_2222_1_51 62682 63560 - HTH_AraC
TC HRGMv2_2222_1 HRGMv2_2222_1_52 63716 65494 + 3.A.1.106.3
TC HRGMv2_2222_1 HRGMv2_2222_1_53 65500 67281 + 3.A.1.106.3
sulfatase HRGMv2_2222_1 HRGMv2_2222_1_54 67369 68172 + S1_8
pfam HRGMv2_2222_1 HRGMv2_2222_1_55 68266 68724 - Coat_F
CAZyme HRGMv2_2222_1 HRGMv2_2222_1_56 68904 70214 + GH13_20
STP HRGMv2_2222_1 HRGMv2_2222_1_57 70227 71333 + HhH-GPD
CAZyme HRGMv2_2222_1 HRGMv2_2222_1_58 71413 73866 - GH94
TF HRGMv2_2222_1 HRGMv2_2222_1_59 74238 75248 + LacI
NULL(UNKNOWN) HRGMv2_2222_1 HRGMv2_2222_1_60 75324 76766 + NULL(UNKNOWN)
[View Structural Homologs]
TC HRGMv2_2222_1 HRGMv2_2222_1_61 76902 77882 + 3.A.1.1.36
TC HRGMv2_2222_1 HRGMv2_2222_1_62 77875 78759 + 3.A.1.1.45
peptidase HRGMv2_2222_1 HRGMv2_2222_1_63 79023 80825 + M03.UPB
TC HRGMv2_2222_1 HRGMv2_2222_1_64 80860 82323 + 1.B.52.2.2
pfam HRGMv2_2222_1 HRGMv2_2222_1_65 82350 82814 + LuxS
pfam HRGMv2_2222_1 HRGMv2_2222_1_66 82818 83516 + PNP_UDP_1
CAZyme HRGMv2_2222_1 HRGMv2_2222_1_67 83574 84413 + CE4
CAZyme HRGMv2_2222_1 HRGMv2_2222_1_68 84942 89141 + GH53
peptidase HRGMv2_2222_1 HRGMv2_2222_1_69 89333 90289 + G05.UPW
TF HRGMv2_2222_1 HRGMv2_2222_1_70 90317 90691 + GntR
TC HRGMv2_2222_1 HRGMv2_2222_1_71 90693 91601 + 3.A.1.149.1
Gene ID: HRGMv2_2222_1_50
Type: CAZyme
Location: 60532 - 62685 (+)
Gene ID: HRGMv2_2222_1_51
Type: TF
Location: 62682 - 63560 (-)
Gene ID: HRGMv2_2222_1_52
Type: TC
Location: 63716 - 65494 (+)
Gene ID: HRGMv2_2222_1_53
Type: TC
Location: 65500 - 67281 (+)
Gene ID: HRGMv2_2222_1_54
Type: sulfatase
Location: 67369 - 68172 (+)
Gene ID: HRGMv2_2222_1_55
Type: pfam
Location: 68266 - 68724 (-)
Gene ID: HRGMv2_2222_1_56
Type: CAZyme
Location: 68904 - 70214 (+)
Gene ID: HRGMv2_2222_1_57
Type: STP
Location: 70227 - 71333 (+)
Gene ID: HRGMv2_2222_1_58
Type: CAZyme
Location: 71413 - 73866 (-)
Gene ID: HRGMv2_2222_1_59
Type: TF
Location: 74238 - 75248 (+)
Gene ID: HRGMv2_2222_1_60
Type:
Location: 75324 - 76766 (+)
Gene ID: HRGMv2_2222_1_61
Type: TC
Location: 76902 - 77882 (+)
Gene ID: HRGMv2_2222_1_62
Type: TC
Location: 77875 - 78759 (+)
Gene ID: HRGMv2_2222_1_63
Type: peptidase
Location: 79023 - 80825 (+)
Gene ID: HRGMv2_2222_1_64
Type: TC
Location: 80860 - 82323 (+)
Gene ID: HRGMv2_2222_1_65
Type: pfam
Location: 82350 - 82814 (+)
Gene ID: HRGMv2_2222_1_66
Type: pfam
Location: 82818 - 83516 (+)
Gene ID: HRGMv2_2222_1_67
Type: CAZyme
Location: 83574 - 84413 (+)
Gene ID: HRGMv2_2222_1_68
Type: CAZyme
Location: 84942 - 89141 (+)
Gene ID: HRGMv2_2222_1_69
Type: peptidase
Location: 89333 - 90289 (+)
Gene ID: HRGMv2_2222_1_70
Type: TF
Location: 90317 - 90691 (+)
Gene ID: HRGMv2_2222_1_71
Type: TC
Location: 90693 - 91601 (+)

Taxonomic Lineage

Gene Level Read Mapping

  • Diet (De Filippis et al., 2019)
  • Diet (Huang et al., 2024)
  • IBD (Lloyd-Price et al., 2019)

Gene level read mapping in Diet Intervention Studies (De Filippis et al., 2019)

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Differentially Abundant Genes

Gene ID Condition Pair log2FC FDR P-value
HRGMv2_2222_1_54 vegetarian > omnivore 1.16887 0.00861

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