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Cluster: HRGMv2_2182_CGC6

🧬 Cluster Details

Gene Type Contig ID Protein ID Start Stop Direction Protein Family
CAZyme HRGMv2_2182_1 HRGMv2_2182_1_614 675295 678777 - CE8
TF HRGMv2_2182_1 HRGMv2_2182_1_615 679052 679912 + HTH_AraC | HTH_AraC
TC HRGMv2_2182_1 HRGMv2_2182_1_616 680124 680537 - 3.A.2.1.5
TC HRGMv2_2182_1 HRGMv2_2182_1_617 680574 681968 - 3.A.2.1.5
TC HRGMv2_2182_1 HRGMv2_2182_1_618 682009 682968 - 3.A.2.1.5
TC HRGMv2_2182_1 HRGMv2_2182_1_619 682980 685001 - 3.A.2.1.5
pfam HRGMv2_2182_1 HRGMv2_2182_1_620 685001 685483 - ATP-synt_B
pfam HRGMv2_2182_1 HRGMv2_2182_1_621 685690 685917 - ATP-synt_C
TC HRGMv2_2182_1 HRGMv2_2182_1_622 686242 686928 - 3.A.2.1.5
Gene ID: HRGMv2_2182_1_614
Type: CAZyme
Location: 675295 - 678777 (-)
Gene ID: HRGMv2_2182_1_615
Type: TF
Location: 679052 - 679912 (+)
Gene ID: HRGMv2_2182_1_616
Type: TC
Location: 680124 - 680537 (-)
Gene ID: HRGMv2_2182_1_617
Type: TC
Location: 680574 - 681968 (-)
Gene ID: HRGMv2_2182_1_618
Type: TC
Location: 682009 - 682968 (-)
Gene ID: HRGMv2_2182_1_619
Type: TC
Location: 682980 - 685001 (-)
Gene ID: HRGMv2_2182_1_620
Type: pfam
Location: 685001 - 685483 (-)
Gene ID: HRGMv2_2182_1_621
Type: pfam
Location: 685690 - 685917 (-)
Gene ID: HRGMv2_2182_1_622
Type: TC
Location: 686242 - 686928 (-)

Taxonomic Lineage

Gene Level Read Mapping

  • Diet (De Filippis et al., 2019)
  • Diet (Huang et al., 2024)
  • IBD (Lloyd-Price et al., 2019)

Gene level read mapping in Diet Intervention Studies (De Filippis et al., 2019)

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Differentially Abundant Genes

Gene ID Condition Pair log2FC FDR P-value
HRGMv2_2182_1_616 vegetarian > vegan 1.02305 0.00110
HRGMv2_2182_1_618 vegetarian > vegan 1.18065 0.00110
HRGMv2_2182_1_622 vegetarian > vegan 1.21189 0.00110

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