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Cluster: HRGMv2_2041_CGC30

🧬 Cluster Details

Gene Type Contig ID Protein ID Start Stop Direction Protein Family
TC HRGMv2_2041_6 HRGMv2_2041_6_24 25345 27135 + 3.A.1.135.7
STP HRGMv2_2041_6 HRGMv2_2041_6_25 27278 28801 + SBP_bac_1
TC HRGMv2_2041_6 HRGMv2_2041_6_26 28948 29886 + 3.A.1.1.10
TC HRGMv2_2041_6 HRGMv2_2041_6_27 29899 30801 + 3.A.1.1.29
TC HRGMv2_2041_6 HRGMv2_2041_6_28 30996 32738 + 9.B.33.1.1
TF HRGMv2_2041_6 HRGMv2_2041_6_29 32716 34311 + 0035607 | 0036286
CAZyme HRGMv2_2041_6 HRGMv2_2041_6_30 34558 36777 + GH3
TC HRGMv2_2041_6 HRGMv2_2041_6_31 36978 38348 + 2.A.66.1.45
CAZyme HRGMv2_2041_6 HRGMv2_2041_6_32 38466 39773 + GH29
TC HRGMv2_2041_6 HRGMv2_2041_6_33 40154 40879 + 3.A.1.147.6
pfam HRGMv2_2041_6 HRGMv2_2041_6_34 40872 42593 + ABC_tran_2
NULL(UNKNOWN) HRGMv2_2041_6 HRGMv2_2041_6_35 42649 42885 + NULL(UNKNOWN)
[View Structural Homologs]
TC HRGMv2_2041_6 HRGMv2_2041_6_36 42882 43523 - 2.A.87.1.4
CAZyme HRGMv2_2041_6 HRGMv2_2041_6_37 43945 46908 - GH3
TC HRGMv2_2041_6 HRGMv2_2041_6_38 47104 48822 - 3.A.1.1.29
TC HRGMv2_2041_6 HRGMv2_2041_6_39 48925 49788 - 3.A.1.1.29
TC HRGMv2_2041_6 HRGMv2_2041_6_40 49801 50736 - 3.A.1.1.29
TF HRGMv2_2041_6 HRGMv2_2041_6_41 51100 51813 + Trans_reg_C
STP HRGMv2_2041_6 HRGMv2_2041_6_42 51779 53539 + HATPase_c | HisKA
CAZyme HRGMv2_2041_6 HRGMv2_2041_6_43 53630 54721 + GT2
Gene ID: HRGMv2_2041_6_24
Type: TC
Location: 25345 - 27135 (+)
Gene ID: HRGMv2_2041_6_25
Type: STP
Location: 27278 - 28801 (+)
Gene ID: HRGMv2_2041_6_26
Type: TC
Location: 28948 - 29886 (+)
Gene ID: HRGMv2_2041_6_27
Type: TC
Location: 29899 - 30801 (+)
Gene ID: HRGMv2_2041_6_28
Type: TC
Location: 30996 - 32738 (+)
Gene ID: HRGMv2_2041_6_29
Type: TF
Location: 32716 - 34311 (+)
Gene ID: HRGMv2_2041_6_30
Type: CAZyme
Location: 34558 - 36777 (+)
Gene ID: HRGMv2_2041_6_31
Type: TC
Location: 36978 - 38348 (+)
Gene ID: HRGMv2_2041_6_32
Type: CAZyme
Location: 38466 - 39773 (+)
Gene ID: HRGMv2_2041_6_33
Type: TC
Location: 40154 - 40879 (+)
Gene ID: HRGMv2_2041_6_34
Type: pfam
Location: 40872 - 42593 (+)
Gene ID: HRGMv2_2041_6_35
Type:
Location: 42649 - 42885 (+)
Gene ID: HRGMv2_2041_6_36
Type: TC
Location: 42882 - 43523 (-)
Gene ID: HRGMv2_2041_6_37
Type: CAZyme
Location: 43945 - 46908 (-)
Gene ID: HRGMv2_2041_6_38
Type: TC
Location: 47104 - 48822 (-)
Gene ID: HRGMv2_2041_6_39
Type: TC
Location: 48925 - 49788 (-)
Gene ID: HRGMv2_2041_6_40
Type: TC
Location: 49801 - 50736 (-)
Gene ID: HRGMv2_2041_6_41
Type: TF
Location: 51100 - 51813 (+)
Gene ID: HRGMv2_2041_6_42
Type: STP
Location: 51779 - 53539 (+)
Gene ID: HRGMv2_2041_6_43
Type: CAZyme
Location: 53630 - 54721 (+)

Taxonomic Lineage

Gene Level Read Mapping

  • Diet (De Filippis et al., 2019)
  • Diet (Huang et al., 2024)
  • IBD (Lloyd-Price et al., 2019)

Gene level read mapping in Diet Intervention Studies (De Filippis et al., 2019)

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No differentially abundant genes found in the 2019 study.

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