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Cluster: HRGMv2_4187_CGC11

🧬 Cluster Details

Gene Type Contig ID Protein ID Start Stop Direction Protein Family
TC HRGMv2_4187_31 HRGMv2_4187_31_2 486 1844 - 2.A.2.3.2
CAZyme HRGMv2_4187_31 HRGMv2_4187_31_3 1846 2934 - GH5_13
TF HRGMv2_4187_31 HRGMv2_4187_31_4 3081 4070 + LacI
TC HRGMv2_4187_31 HRGMv2_4187_31_5 4536 6092 - 3.A.3.31.1
pfam HRGMv2_4187_31 HRGMv2_4187_31_6 6337 7770 - Flg_bb_rod | Flg_bbr_C | FlgE_D2 | LlgE_F_G_D1
TC HRGMv2_4187_31 HRGMv2_4187_31_7 8064 8798 - 3.D.6.1.4
pfam HRGMv2_4187_31 HRGMv2_4187_31_8 8814 9563 - FMN_bind
TC HRGMv2_4187_31 HRGMv2_4187_31_9 9563 10855 - 3.D.6.1.4
TC HRGMv2_4187_31 HRGMv2_4187_31_10 10852 12846 - 3.D.6.1.4
STP HRGMv2_4187_31 HRGMv2_4187_31_11 12846 13418 - FeS | Fer4 | Fer4
TC HRGMv2_4187_31 HRGMv2_4187_31_12 13415 14002 - 3.D.6.1.4
STP HRGMv2_4187_31 HRGMv2_4187_31_13 14054 14764 + HhH-GPD
NULL(UNKNOWN) HRGMv2_4187_31 HRGMv2_4187_31_14 15077 16498 - NULL(UNKNOWN)
[View Structural Homologs]
TC HRGMv2_4187_31 HRGMv2_4187_31_15 16832 17893 + 3.A.1.24.2
TC HRGMv2_4187_31 HRGMv2_4187_31_16 17895 18620 + 3.A.1.24.5
NULL(UNKNOWN) HRGMv2_4187_31 HRGMv2_4187_31_17 19106 19216 + NULL(UNKNOWN)
[View Structural Homologs]
TC HRGMv2_4187_31 HRGMv2_4187_31_18 19338 20132 + 3.A.1.24.5
pfam HRGMv2_4187_31 HRGMv2_4187_31_19 20267 22105 + GIY-YIG | UVR | UvrC_RNaseH_dom | HHH_5 | UvrC_RNaseH
TC HRGMv2_4187_31 HRGMv2_4187_31_20 22232 23845 - 1.B.52.2.1
Gene ID: HRGMv2_4187_31_2
Type: TC
Location: 486 - 1844 (-)
Gene ID: HRGMv2_4187_31_3
Type: CAZyme
Location: 1846 - 2934 (-)
Gene ID: HRGMv2_4187_31_4
Type: TF
Location: 3081 - 4070 (+)
Gene ID: HRGMv2_4187_31_5
Type: TC
Location: 4536 - 6092 (-)
Gene ID: HRGMv2_4187_31_6
Type: pfam
Location: 6337 - 7770 (-)
Gene ID: HRGMv2_4187_31_7
Type: TC
Location: 8064 - 8798 (-)
Gene ID: HRGMv2_4187_31_8
Type: pfam
Location: 8814 - 9563 (-)
Gene ID: HRGMv2_4187_31_9
Type: TC
Location: 9563 - 10855 (-)
Gene ID: HRGMv2_4187_31_10
Type: TC
Location: 10852 - 12846 (-)
Gene ID: HRGMv2_4187_31_11
Type: STP
Location: 12846 - 13418 (-)
Gene ID: HRGMv2_4187_31_12
Type: TC
Location: 13415 - 14002 (-)
Gene ID: HRGMv2_4187_31_13
Type: STP
Location: 14054 - 14764 (+)
Gene ID: HRGMv2_4187_31_14
Type:
Location: 15077 - 16498 (-)
Gene ID: HRGMv2_4187_31_15
Type: TC
Location: 16832 - 17893 (+)
Gene ID: HRGMv2_4187_31_16
Type: TC
Location: 17895 - 18620 (+)
Gene ID: HRGMv2_4187_31_17
Type:
Location: 19106 - 19216 (+)
Gene ID: HRGMv2_4187_31_18
Type: TC
Location: 19338 - 20132 (+)
Gene ID: HRGMv2_4187_31_19
Type: pfam
Location: 20267 - 22105 (+)
Gene ID: HRGMv2_4187_31_20
Type: TC
Location: 22232 - 23845 (-)

Taxonomic Lineage

Gene Level Read Mapping

  • Diet (De Filippis et al., 2019)
  • Diet (Huang et al., 2024)
  • IBD (Lloyd-Price et al., 2019)

Gene level read mapping in Diet Intervention Studies (De Filippis et al., 2019)

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No differentially abundant genes found in the 2019 study.

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