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Cluster: HRGMv2_3189_CGC5

🧬 Cluster Details

Gene Type Contig ID Protein ID Start Stop Direction Protein Family
TC HRGMv2_3189_1 HRGMv2_3189_1_313 348014 349045 + 2.A.98.1.4
TC HRGMv2_3189_1 HRGMv2_3189_1_314 349109 350170 - 3.A.1.2.1
TC HRGMv2_3189_1 HRGMv2_3189_1_315 350170 351663 - 3.A.1.2.20
pfam HRGMv2_3189_1 HRGMv2_3189_1_316 351754 352833 - Peripla_BP_4
pfam HRGMv2_3189_1 HRGMv2_3189_1_317 352887 353801 - AP_endonuc_2
CAZyme HRGMv2_3189_1 HRGMv2_3189_1_318 353804 354856 - GH179
TF HRGMv2_3189_1 HRGMv2_3189_1_319 355120 356139 + LacI
pfam HRGMv2_3189_1 HRGMv2_3189_1_320 356588 356953 - Thioredoxin_3
TC HRGMv2_3189_1 HRGMv2_3189_1_321 357068 358081 - 2.A.119.1.3
TF HRGMv2_3189_1 HRGMv2_3189_1_322 358174 358476 - HTH_5
TF HRGMv2_3189_1 HRGMv2_3189_1_323 358577 359011 - MarR
TC HRGMv2_3189_1 HRGMv2_3189_1_324 359171 360841 + 2.A.1.46.5
Gene ID: HRGMv2_3189_1_313
Type: TC
Location: 348014 - 349045 (+)
Gene ID: HRGMv2_3189_1_314
Type: TC
Location: 349109 - 350170 (-)
Gene ID: HRGMv2_3189_1_315
Type: TC
Location: 350170 - 351663 (-)
Gene ID: HRGMv2_3189_1_316
Type: pfam
Location: 351754 - 352833 (-)
Gene ID: HRGMv2_3189_1_317
Type: pfam
Location: 352887 - 353801 (-)
Gene ID: HRGMv2_3189_1_318
Type: CAZyme
Location: 353804 - 354856 (-)
Gene ID: HRGMv2_3189_1_319
Type: TF
Location: 355120 - 356139 (+)
Gene ID: HRGMv2_3189_1_320
Type: pfam
Location: 356588 - 356953 (-)
Gene ID: HRGMv2_3189_1_321
Type: TC
Location: 357068 - 358081 (-)
Gene ID: HRGMv2_3189_1_322
Type: TF
Location: 358174 - 358476 (-)
Gene ID: HRGMv2_3189_1_323
Type: TF
Location: 358577 - 359011 (-)
Gene ID: HRGMv2_3189_1_324
Type: TC
Location: 359171 - 360841 (+)

Taxonomic Lineage

Gene Level Read Mapping

  • Diet (De Filippis et al., 2019)
  • Diet (Huang et al., 2024)
  • IBD (Lloyd-Price et al., 2019)

Gene level read mapping in Diet Intervention Studies (De Filippis et al., 2019)

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No differentially abundant genes found in the 2019 study.

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