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Cluster: HRGMv2_3186_CGC1

🧬 Cluster Details

Gene Type Contig ID Protein ID Start Stop Direction Protein Family
TC HRGMv2_3186_10 HRGMv2_3186_10_24 22440 23087 + 2.A.87.2.3
pfam HRGMv2_3186_10 HRGMv2_3186_10_25 23176 24015 - Multi_Drug_Res
TC HRGMv2_3186_10 HRGMv2_3186_10_26 24218 25267 + 3.A.1.23.5
pfam HRGMv2_3186_10 HRGMv2_3186_10_27 25359 26168 + CbiQ
TC HRGMv2_3186_10 HRGMv2_3186_10_28 26203 26922 + 3.A.1.23.5
pfam HRGMv2_3186_10 HRGMv2_3186_10_29 27603 28607 + URO-D
pfam HRGMv2_3186_10 HRGMv2_3186_10_30 28625 29962 + AA_permease | AA_permease_2
CAZyme HRGMv2_3186_10 HRGMv2_3186_10_31 30522 33137 + GT51
pfam HRGMv2_3186_10 HRGMv2_3186_10_32 33162 34028 + Cons_hypoth95 | Methyltrans_SAM
TC HRGMv2_3186_10 HRGMv2_3186_10_33 34041 34886 + 3.A.1.26.7
TC HRGMv2_3186_10 HRGMv2_3186_10_34 34911 35774 + 3.A.1.26.9
TC HRGMv2_3186_10 HRGMv2_3186_10_35 35767 36570 + 3.A.1.25.4
pfam HRGMv2_3186_10 HRGMv2_3186_10_36 36583 37350 + PseudoU_synth_1 | PseudoU_synth_1
pfam HRGMv2_3186_10 HRGMv2_3186_10_37 37340 38518 + DUF5711
TC HRGMv2_3186_10 HRGMv2_3186_10_38 38556 40862 + 3.A.9.1.2
TC HRGMv2_3186_10 HRGMv2_3186_10_39 41011 42027 + 9.A.11.1.1
Gene ID: HRGMv2_3186_10_24
Type: TC
Location: 22440 - 23087 (+)
Gene ID: HRGMv2_3186_10_25
Type: pfam
Location: 23176 - 24015 (-)
Gene ID: HRGMv2_3186_10_26
Type: TC
Location: 24218 - 25267 (+)
Gene ID: HRGMv2_3186_10_27
Type: pfam
Location: 25359 - 26168 (+)
Gene ID: HRGMv2_3186_10_28
Type: TC
Location: 26203 - 26922 (+)
Gene ID: HRGMv2_3186_10_29
Type: pfam
Location: 27603 - 28607 (+)
Gene ID: HRGMv2_3186_10_30
Type: pfam
Location: 28625 - 29962 (+)
Gene ID: HRGMv2_3186_10_31
Type: CAZyme
Location: 30522 - 33137 (+)
Gene ID: HRGMv2_3186_10_32
Type: pfam
Location: 33162 - 34028 (+)
Gene ID: HRGMv2_3186_10_33
Type: TC
Location: 34041 - 34886 (+)
Gene ID: HRGMv2_3186_10_34
Type: TC
Location: 34911 - 35774 (+)
Gene ID: HRGMv2_3186_10_35
Type: TC
Location: 35767 - 36570 (+)
Gene ID: HRGMv2_3186_10_36
Type: pfam
Location: 36583 - 37350 (+)
Gene ID: HRGMv2_3186_10_37
Type: pfam
Location: 37340 - 38518 (+)
Gene ID: HRGMv2_3186_10_38
Type: TC
Location: 38556 - 40862 (+)
Gene ID: HRGMv2_3186_10_39
Type: TC
Location: 41011 - 42027 (+)

Taxonomic Lineage

Gene Level Read Mapping

  • Diet (De Filippis et al., 2019)
  • Diet (Huang et al., 2024)
  • IBD (Lloyd-Price et al., 2019)

Gene level read mapping in Diet Intervention Studies (De Filippis et al., 2019)

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Differentially Abundant Genes

Gene ID Condition Pair log2FC FDR P-value
HRGMv2_3186_10_25 vegetarian > vegan 2.25058 0.00229
HRGMv2_3186_10_30 vegetarian > vegan 1.78021 0.00229
HRGMv2_3186_10_37 vegetarian > vegan 1.63965 0.00229

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