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Cluster: HRGMv2_3142_CGC18

🧬 Cluster Details

Gene Type Contig ID Protein ID Start Stop Direction Protein Family
TC HRGMv2_3142_11 HRGMv2_3142_11_3 1519 3270 + 8.A.59.2.1
TF HRGMv2_3142_11 HRGMv2_3142_11_4 3245 4054 + HTH_AraC
STP HRGMv2_3142_11 HRGMv2_3142_11_5 4051 5514 + SBP_bac_1
TC HRGMv2_3142_11 HRGMv2_3142_11_6 5767 6741 + 3.A.1.1.10
TC HRGMv2_3142_11 HRGMv2_3142_11_7 6758 7696 + 3.A.1.1.29
pfam HRGMv2_3142_11 HRGMv2_3142_11_8 7765 9258 + DUF3502
CAZyme HRGMv2_3142_11 HRGMv2_3142_11_9 9418 12564 + GH38
CAZyme HRGMv2_3142_11 HRGMv2_3142_11_10 12578 14824 + GH3
CAZyme HRGMv2_3142_11 HRGMv2_3142_11_11 14837 17227 + GH2
TC HRGMv2_3142_11 HRGMv2_3142_11_12 17240 17896 + 9.B.28.1.2
TC HRGMv2_3142_11 HRGMv2_3142_11_13 18154 19554 - 2.A.66.1.37
Gene ID: HRGMv2_3142_11_3
Type: TC
Location: 1519 - 3270 (+)
Gene ID: HRGMv2_3142_11_4
Type: TF
Location: 3245 - 4054 (+)
Gene ID: HRGMv2_3142_11_5
Type: STP
Location: 4051 - 5514 (+)
Gene ID: HRGMv2_3142_11_6
Type: TC
Location: 5767 - 6741 (+)
Gene ID: HRGMv2_3142_11_7
Type: TC
Location: 6758 - 7696 (+)
Gene ID: HRGMv2_3142_11_8
Type: pfam
Location: 7765 - 9258 (+)
Gene ID: HRGMv2_3142_11_9
Type: CAZyme
Location: 9418 - 12564 (+)
Gene ID: HRGMv2_3142_11_10
Type: CAZyme
Location: 12578 - 14824 (+)
Gene ID: HRGMv2_3142_11_11
Type: CAZyme
Location: 14837 - 17227 (+)
Gene ID: HRGMv2_3142_11_12
Type: TC
Location: 17240 - 17896 (+)
Gene ID: HRGMv2_3142_11_13
Type: TC
Location: 18154 - 19554 (-)

Taxonomic Lineage

Gene Level Read Mapping

  • Diet (De Filippis et al., 2019)
  • Diet (Huang et al., 2024)
  • IBD (Lloyd-Price et al., 2019)

Gene level read mapping in Diet Intervention Studies (De Filippis et al., 2019)

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No differentially abundant genes found in the 2019 study.

🧭 Explore Read Mapping of CGC

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