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Cluster: HRGMv2_2305_CGC6

🧬 Cluster Details

Gene Type Contig ID Protein ID Start Stop Direction Protein Family
TC HRGMv2_2305_11 HRGMv2_2305_11_29 29939 31351 - 2.A.50.2.1
pfam HRGMv2_2305_11 HRGMv2_2305_11_30 31389 31871 - DUF4358
pfam HRGMv2_2305_11 HRGMv2_2305_11_31 31864 32682 - Lipase_GDSL | Lipase_GDSL_2
CAZyme HRGMv2_2305_11 HRGMv2_2305_11_32 32843 34057 - CE4
pfam HRGMv2_2305_11 HRGMv2_2305_11_33 34260 34670 + MatE
TC HRGMv2_2305_11 HRGMv2_2305_11_34 34616 34936 + 2.A.66.1.28
TC HRGMv2_2305_11 HRGMv2_2305_11_35 35274 36422 + 3.A.1.1.22
TC HRGMv2_2305_11 HRGMv2_2305_11_36 36419 37285 + 3.A.1.1.11
TC HRGMv2_2305_11 HRGMv2_2305_11_37 37285 38208 + 3.A.1.1.34
TC HRGMv2_2305_11 HRGMv2_2305_11_38 38271 39674 + 3.A.1.1.3
pfam HRGMv2_2305_11 HRGMv2_2305_11_39 39767 40498 + GDPD
TC HRGMv2_2305_11 HRGMv2_2305_11_40 40569 41903 - 2.A.66.1.33
TF HRGMv2_2305_11 HRGMv2_2305_11_41 42043 42903 + HTH_AraC | HTH_AraC
TC HRGMv2_2305_11 HRGMv2_2305_11_42 42964 44016 - 9.A.23.1.1
CAZyme HRGMv2_2305_11 HRGMv2_2305_11_43 44236 46395 + GH112
STP HRGMv2_2305_11 HRGMv2_2305_11_44 46498 47433 + PALP
STP HRGMv2_2305_11 HRGMv2_2305_11_45 47458 48216 + Sigma70_r2
TC HRGMv2_2305_11 HRGMv2_2305_11_46 48356 50257 + 3.A.16.1.2
Gene ID: HRGMv2_2305_11_29
Type: TC
Location: 29939 - 31351 (-)
Gene ID: HRGMv2_2305_11_30
Type: pfam
Location: 31389 - 31871 (-)
Gene ID: HRGMv2_2305_11_31
Type: pfam
Location: 31864 - 32682 (-)
Gene ID: HRGMv2_2305_11_32
Type: CAZyme
Location: 32843 - 34057 (-)
Gene ID: HRGMv2_2305_11_33
Type: pfam
Location: 34260 - 34670 (+)
Gene ID: HRGMv2_2305_11_34
Type: TC
Location: 34616 - 34936 (+)
Gene ID: HRGMv2_2305_11_35
Type: TC
Location: 35274 - 36422 (+)
Gene ID: HRGMv2_2305_11_36
Type: TC
Location: 36419 - 37285 (+)
Gene ID: HRGMv2_2305_11_37
Type: TC
Location: 37285 - 38208 (+)
Gene ID: HRGMv2_2305_11_38
Type: TC
Location: 38271 - 39674 (+)
Gene ID: HRGMv2_2305_11_39
Type: pfam
Location: 39767 - 40498 (+)
Gene ID: HRGMv2_2305_11_40
Type: TC
Location: 40569 - 41903 (-)
Gene ID: HRGMv2_2305_11_41
Type: TF
Location: 42043 - 42903 (+)
Gene ID: HRGMv2_2305_11_42
Type: TC
Location: 42964 - 44016 (-)
Gene ID: HRGMv2_2305_11_43
Type: CAZyme
Location: 44236 - 46395 (+)
Gene ID: HRGMv2_2305_11_44
Type: STP
Location: 46498 - 47433 (+)
Gene ID: HRGMv2_2305_11_45
Type: STP
Location: 47458 - 48216 (+)
Gene ID: HRGMv2_2305_11_46
Type: TC
Location: 48356 - 50257 (+)

Taxonomic Lineage

Gene Level Read Mapping

  • Diet (De Filippis et al., 2019)
  • Diet (Huang et al., 2024)
  • IBD (Lloyd-Price et al., 2019)

Gene level read mapping in Diet Intervention Studies (De Filippis et al., 2019)

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No differentially abundant genes found in the 2019 study.

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