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Cluster: HRGMv2_2204_CGC19

🧬 Cluster Details

Gene Type Contig ID Protein ID Start Stop Direction Protein Family
CAZyme HRGMv2_2204_35 HRGMv2_2204_35_26 25440 27941 + GH31_2
TC HRGMv2_2204_35 HRGMv2_2204_35_27 27963 29345 + 2.A.2.3.1
CAZyme HRGMv2_2204_35 HRGMv2_2204_35_28 29358 30167 + CE1
pfam HRGMv2_2204_35 HRGMv2_2204_35_29 30220 31428 - F420_ligase
pfam HRGMv2_2204_35 HRGMv2_2204_35_30 31670 33364 + PCMT | Ubie_methyltran | TehB | PrmA | MetW | Methyltransf_11 | Methyltransf_12 | Methyltransf_23 | Methyltransf_25 | Methyltransf_31 | AstE_AspA_cat
TC HRGMv2_2204_35 HRGMv2_2204_35_31 33366 34310 + 3.A.1.5.3
TC HRGMv2_2204_35 HRGMv2_2204_35_32 34307 35173 + 3.A.1.5.38
TC HRGMv2_2204_35 HRGMv2_2204_35_33 35204 36784 + 3.A.1.5.20
TC HRGMv2_2204_35 HRGMv2_2204_35_34 36814 37596 + 3.A.1.5.1
TC HRGMv2_2204_35 HRGMv2_2204_35_35 37597 38355 + 3.A.1.5.37
TF HRGMv2_2204_35 HRGMv2_2204_35_36 38453 39142 + Trans_reg_C
STP HRGMv2_2204_35 HRGMv2_2204_35_37 39139 40131 + HATPase_c
TC HRGMv2_2204_35 HRGMv2_2204_35_38 40260 41024 + 3.A.1.134.4
TC HRGMv2_2204_35 HRGMv2_2204_35_39 41021 43039 + 3.A.1.134.4
TF HRGMv2_2204_35 HRGMv2_2204_35_40 43036 43854 - HTH_AraC | HTH_AraC
CAZyme HRGMv2_2204_35 HRGMv2_2204_35_41 44034 46535 + GH31_2
TC HRGMv2_2204_35 HRGMv2_2204_35_42 46559 47596 + 2.A.56.1.2
TC HRGMv2_2204_35 HRGMv2_2204_35_43 47596 48099 + 2.A.56.1.2
TC HRGMv2_2204_35 HRGMv2_2204_35_44 48096 49397 + 2.A.56.1.5
CAZyme HRGMv2_2204_35 HRGMv2_2204_35_45 49413 51926 + GH31_2
peptidase HRGMv2_2204_35 HRGMv2_2204_35_46 52090 53160 + S09.UPW
pfam HRGMv2_2204_35 HRGMv2_2204_35_47 53518 55995 - FtsX
TC HRGMv2_2204_35 HRGMv2_2204_35_48 56006 56707 - 3.A.1.122.7
NULL(UNKNOWN) HRGMv2_2204_35 HRGMv2_2204_35_49 56710 57024 - NULL(UNKNOWN)
[View Structural Homologs]
STP HRGMv2_2204_35 HRGMv2_2204_35_50 57215 57799 + TetR_N
TC HRGMv2_2204_35 HRGMv2_2204_35_51 58000 59658 + 3.A.1.5.20
TC HRGMv2_2204_35 HRGMv2_2204_35_52 59746 60738 + 3.A.1.5.20
TC HRGMv2_2204_35 HRGMv2_2204_35_53 60731 61597 + 3.A.1.5.2
TC HRGMv2_2204_35 HRGMv2_2204_35_54 61607 62536 + 3.A.1.5.35
TC HRGMv2_2204_35 HRGMv2_2204_35_55 62526 63146 + 3.A.1.5.3
Gene ID: HRGMv2_2204_35_26
Type: CAZyme
Location: 25440 - 27941 (+)
Gene ID: HRGMv2_2204_35_27
Type: TC
Location: 27963 - 29345 (+)
Gene ID: HRGMv2_2204_35_28
Type: CAZyme
Location: 29358 - 30167 (+)
Gene ID: HRGMv2_2204_35_29
Type: pfam
Location: 30220 - 31428 (-)
Gene ID: HRGMv2_2204_35_30
Type: pfam
Location: 31670 - 33364 (+)
Gene ID: HRGMv2_2204_35_31
Type: TC
Location: 33366 - 34310 (+)
Gene ID: HRGMv2_2204_35_32
Type: TC
Location: 34307 - 35173 (+)
Gene ID: HRGMv2_2204_35_33
Type: TC
Location: 35204 - 36784 (+)
Gene ID: HRGMv2_2204_35_34
Type: TC
Location: 36814 - 37596 (+)
Gene ID: HRGMv2_2204_35_35
Type: TC
Location: 37597 - 38355 (+)
Gene ID: HRGMv2_2204_35_36
Type: TF
Location: 38453 - 39142 (+)
Gene ID: HRGMv2_2204_35_37
Type: STP
Location: 39139 - 40131 (+)
Gene ID: HRGMv2_2204_35_38
Type: TC
Location: 40260 - 41024 (+)
Gene ID: HRGMv2_2204_35_39
Type: TC
Location: 41021 - 43039 (+)
Gene ID: HRGMv2_2204_35_40
Type: TF
Location: 43036 - 43854 (-)
Gene ID: HRGMv2_2204_35_41
Type: CAZyme
Location: 44034 - 46535 (+)
Gene ID: HRGMv2_2204_35_42
Type: TC
Location: 46559 - 47596 (+)
Gene ID: HRGMv2_2204_35_43
Type: TC
Location: 47596 - 48099 (+)
Gene ID: HRGMv2_2204_35_44
Type: TC
Location: 48096 - 49397 (+)
Gene ID: HRGMv2_2204_35_45
Type: CAZyme
Location: 49413 - 51926 (+)
Gene ID: HRGMv2_2204_35_46
Type: peptidase
Location: 52090 - 53160 (+)
Gene ID: HRGMv2_2204_35_47
Type: pfam
Location: 53518 - 55995 (-)
Gene ID: HRGMv2_2204_35_48
Type: TC
Location: 56006 - 56707 (-)
Gene ID: HRGMv2_2204_35_49
Type:
Location: 56710 - 57024 (-)
Gene ID: HRGMv2_2204_35_50
Type: STP
Location: 57215 - 57799 (+)
Gene ID: HRGMv2_2204_35_51
Type: TC
Location: 58000 - 59658 (+)
Gene ID: HRGMv2_2204_35_52
Type: TC
Location: 59746 - 60738 (+)
Gene ID: HRGMv2_2204_35_53
Type: TC
Location: 60731 - 61597 (+)
Gene ID: HRGMv2_2204_35_54
Type: TC
Location: 61607 - 62536 (+)
Gene ID: HRGMv2_2204_35_55
Type: TC
Location: 62526 - 63146 (+)

Taxonomic Lineage

Gene Level Read Mapping

  • Diet (De Filippis et al., 2019)
  • Diet (Huang et al., 2024)
  • IBD (Lloyd-Price et al., 2019)

Gene level read mapping in Diet Intervention Studies (De Filippis et al., 2019)

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No differentially abundant genes found in the 2019 study.

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