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Cluster: HRGMv2_1948_CGC5

🧬 Cluster Details

Gene Type Contig ID Protein ID Start Stop Direction Protein Family
TC HRGMv2_1948_2 HRGMv2_1948_2_188 212346 213518 + 2.A.23.2.6
pfam HRGMv2_1948_2 HRGMv2_1948_2_189 213680 214477 + LCM
TC HRGMv2_1948_2 HRGMv2_1948_2_190 215627 216952 - 9.A.40.2.4
TC HRGMv2_1948_2 HRGMv2_1948_2_191 217132 218865 - 8.A.7.1.1
TC HRGMv2_1948_2 HRGMv2_1948_2_192 218932 219195 - 8.A.8.1.1
sulfatase HRGMv2_1948_2 HRGMv2_1948_2_193 219313 220335 - S1_6
TC HRGMv2_1948_2 HRGMv2_1948_2_194 220455 221594 + 3.A.1.11.1
TC HRGMv2_1948_2 HRGMv2_1948_2_195 221596 222441 + 3.A.1.11.1
TC HRGMv2_1948_2 HRGMv2_1948_2_196 222434 223207 + 3.A.1.11.1
TC HRGMv2_1948_2 HRGMv2_1948_2_197 223296 224105 + 3.D.1.8.1
pfam HRGMv2_1948_2 HRGMv2_1948_2_198 224105 224533 + META
TF HRGMv2_1948_2 HRGMv2_1948_2_199 224637 225350 - GntR
CAZyme HRGMv2_1948_2 HRGMv2_1948_2_200 225501 227042 + GH77
pfam HRGMv2_1948_2 HRGMv2_1948_2_201 227014 227811 + Exo_endo_phos
TC HRGMv2_1948_2 HRGMv2_1948_2_202 227826 229397 + 4.A.1.1.8
pfam HRGMv2_1948_2 HRGMv2_1948_2_203 231035 231361 + ToxN_toxin
pfam HRGMv2_1948_2 HRGMv2_1948_2_204 231490 232038 - Cob_adeno_trans
TC HRGMv2_1948_2 HRGMv2_1948_2_205 232062 232517 - 3.A.7.19.1
Gene ID: HRGMv2_1948_2_188
Type: TC
Location: 212346 - 213518 (+)
Gene ID: HRGMv2_1948_2_189
Type: pfam
Location: 213680 - 214477 (+)
Gene ID: HRGMv2_1948_2_190
Type: TC
Location: 215627 - 216952 (-)
Gene ID: HRGMv2_1948_2_191
Type: TC
Location: 217132 - 218865 (-)
Gene ID: HRGMv2_1948_2_192
Type: TC
Location: 218932 - 219195 (-)
Gene ID: HRGMv2_1948_2_193
Type: sulfatase
Location: 219313 - 220335 (-)
Gene ID: HRGMv2_1948_2_194
Type: TC
Location: 220455 - 221594 (+)
Gene ID: HRGMv2_1948_2_195
Type: TC
Location: 221596 - 222441 (+)
Gene ID: HRGMv2_1948_2_196
Type: TC
Location: 222434 - 223207 (+)
Gene ID: HRGMv2_1948_2_197
Type: TC
Location: 223296 - 224105 (+)
Gene ID: HRGMv2_1948_2_198
Type: pfam
Location: 224105 - 224533 (+)
Gene ID: HRGMv2_1948_2_199
Type: TF
Location: 224637 - 225350 (-)
Gene ID: HRGMv2_1948_2_200
Type: CAZyme
Location: 225501 - 227042 (+)
Gene ID: HRGMv2_1948_2_201
Type: pfam
Location: 227014 - 227811 (+)
Gene ID: HRGMv2_1948_2_202
Type: TC
Location: 227826 - 229397 (+)
Gene ID: HRGMv2_1948_2_203
Type: pfam
Location: 231035 - 231361 (+)
Gene ID: HRGMv2_1948_2_204
Type: pfam
Location: 231490 - 232038 (-)
Gene ID: HRGMv2_1948_2_205
Type: TC
Location: 232062 - 232517 (-)

Taxonomic Lineage

Gene Level Read Mapping

  • Diet (De Filippis et al., 2019)
  • Diet (Huang et al., 2024)
  • IBD (Lloyd-Price et al., 2019)

Gene level read mapping in Diet Intervention Studies (De Filippis et al., 2019)

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No differentially abundant genes found in the 2019 study.

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