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Cluster: HRGMv2_1881_CGC1

🧬 Cluster Details

Gene Type Contig ID Protein ID Start Stop Direction Protein Family
TC HRGMv2_1881_1 HRGMv2_1881_1_6 5734 7149 - 2.A.1.3.26
TC HRGMv2_1881_1 HRGMv2_1881_1_7 7146 10223 - 2.A.6.2.12
TC HRGMv2_1881_1 HRGMv2_1881_1_8 10224 13346 - 2.A.6.2.12
TC HRGMv2_1881_1 HRGMv2_1881_1_9 13346 14569 - 8.A.1.6.2
pfam HRGMv2_1881_1 HRGMv2_1881_1_10 14745 16097 - HSP70 | HSP70
STP HRGMv2_1881_1 HRGMv2_1881_1_11 16231 17076 + AlkA_N | HhH-GPD
TC HRGMv2_1881_1 HRGMv2_1881_1_12 17180 20509 - 9.B.34.1.1
pfam HRGMv2_1881_1 HRGMv2_1881_1_13 20728 21504 + PRK
pfam HRGMv2_1881_1 HRGMv2_1881_1_14 21590 22171 + DCD_N | DCD
TC HRGMv2_1881_1 HRGMv2_1881_1_15 22197 24047 + 9.B.22.2.1
STP HRGMv2_1881_1 HRGMv2_1881_1_16 24224 24808 - NUDIX
TC HRGMv2_1881_1 HRGMv2_1881_1_17 24965 26548 - 2.A.109.2.3
TC HRGMv2_1881_1 HRGMv2_1881_1_18 27235 28377 + 1.B.18.3.1
pfam HRGMv2_1881_1 HRGMv2_1881_1_19 28383 28826 + LMWPc
TC HRGMv2_1881_1 HRGMv2_1881_1_20 28829 30997 + 8.A.3.3.2
CAZyme HRGMv2_1881_1 HRGMv2_1881_1_21 31104 31949 + GT2
pfam HRGMv2_1881_1 HRGMv2_1881_1_22 31949 32440 + Hexapep
CAZyme HRGMv2_1881_1 HRGMv2_1881_1_23 32437 33654 + GT4
NULL(UNKNOWN) HRGMv2_1881_1 HRGMv2_1881_1_24 33629 34849 + NULL(UNKNOWN)
[View Structural Homologs]
CAZyme HRGMv2_1881_1 HRGMv2_1881_1_25 34863 35609 + GT2
Gene ID: HRGMv2_1881_1_6
Type: TC
Location: 5734 - 7149 (-)
Gene ID: HRGMv2_1881_1_7
Type: TC
Location: 7146 - 10223 (-)
Gene ID: HRGMv2_1881_1_8
Type: TC
Location: 10224 - 13346 (-)
Gene ID: HRGMv2_1881_1_9
Type: TC
Location: 13346 - 14569 (-)
Gene ID: HRGMv2_1881_1_10
Type: pfam
Location: 14745 - 16097 (-)
Gene ID: HRGMv2_1881_1_11
Type: STP
Location: 16231 - 17076 (+)
Gene ID: HRGMv2_1881_1_12
Type: TC
Location: 17180 - 20509 (-)
Gene ID: HRGMv2_1881_1_13
Type: pfam
Location: 20728 - 21504 (+)
Gene ID: HRGMv2_1881_1_14
Type: pfam
Location: 21590 - 22171 (+)
Gene ID: HRGMv2_1881_1_15
Type: TC
Location: 22197 - 24047 (+)
Gene ID: HRGMv2_1881_1_16
Type: STP
Location: 24224 - 24808 (-)
Gene ID: HRGMv2_1881_1_17
Type: TC
Location: 24965 - 26548 (-)
Gene ID: HRGMv2_1881_1_18
Type: TC
Location: 27235 - 28377 (+)
Gene ID: HRGMv2_1881_1_19
Type: pfam
Location: 28383 - 28826 (+)
Gene ID: HRGMv2_1881_1_20
Type: TC
Location: 28829 - 30997 (+)
Gene ID: HRGMv2_1881_1_21
Type: CAZyme
Location: 31104 - 31949 (+)
Gene ID: HRGMv2_1881_1_22
Type: pfam
Location: 31949 - 32440 (+)
Gene ID: HRGMv2_1881_1_23
Type: CAZyme
Location: 32437 - 33654 (+)
Gene ID: HRGMv2_1881_1_24
Type:
Location: 33629 - 34849 (+)
Gene ID: HRGMv2_1881_1_25
Type: CAZyme
Location: 34863 - 35609 (+)

Taxonomic Lineage

Gene Level Read Mapping

  • Diet (De Filippis et al., 2019)
  • Diet (Huang et al., 2024)
  • IBD (Lloyd-Price et al., 2019)

Gene level read mapping in Diet Intervention Studies (De Filippis et al., 2019)

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No differentially abundant genes found in the 2019 study.

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