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Cluster: HRGMv2_1878_CGC56

🧬 Cluster Details

Gene Type Contig ID Protein ID Start Stop Direction Protein Family
TC HRGMv2_1878_30 HRGMv2_1878_30_38 37141 38481 + 2.A.8.1.8
TC HRGMv2_1878_30 HRGMv2_1878_30_39 38613 39206 - 2.A.95.1.5
pfam HRGMv2_1878_30 HRGMv2_1878_30_40 39384 40487 + Semialdhyde_dh | Semialdhyde_dhC
CAZyme HRGMv2_1878_30 HRGMv2_1878_30_41 40737 42923 + CBM48 | GH13_9
CAZyme HRGMv2_1878_30 HRGMv2_1878_30_42 42920 44896 + CBM48 | GH13_11
pfam HRGMv2_1878_30 HRGMv2_1878_30_43 44915 46210 + NTP_transferase | NTP_transf_3 | Hexapep_GlmU
CAZyme HRGMv2_1878_30 HRGMv2_1878_30_44 46210 47643 + GT5
CAZyme HRGMv2_1878_30 HRGMv2_1878_30_45 47663 50110 + GT35
pfam HRGMv2_1878_30 HRGMv2_1878_30_46 50197 51705 - DAO | DAO_C
STP HRGMv2_1878_30 HRGMv2_1878_30_47 51949 52278 + Rhodanese
TC HRGMv2_1878_30 HRGMv2_1878_30_48 52323 53153 + 9.B.104.1.1
Gene ID: HRGMv2_1878_30_38
Type: TC
Location: 37141 - 38481 (+)
Gene ID: HRGMv2_1878_30_39
Type: TC
Location: 38613 - 39206 (-)
Gene ID: HRGMv2_1878_30_40
Type: pfam
Location: 39384 - 40487 (+)
Gene ID: HRGMv2_1878_30_41
Type: CAZyme
Location: 40737 - 42923 (+)
Gene ID: HRGMv2_1878_30_42
Type: CAZyme
Location: 42920 - 44896 (+)
Gene ID: HRGMv2_1878_30_43
Type: pfam
Location: 44915 - 46210 (+)
Gene ID: HRGMv2_1878_30_44
Type: CAZyme
Location: 46210 - 47643 (+)
Gene ID: HRGMv2_1878_30_45
Type: CAZyme
Location: 47663 - 50110 (+)
Gene ID: HRGMv2_1878_30_46
Type: pfam
Location: 50197 - 51705 (-)
Gene ID: HRGMv2_1878_30_47
Type: STP
Location: 51949 - 52278 (+)
Gene ID: HRGMv2_1878_30_48
Type: TC
Location: 52323 - 53153 (+)

Taxonomic Lineage

Gene Level Read Mapping

  • Diet (De Filippis et al., 2019)
  • Diet (Huang et al., 2024)
  • IBD (Lloyd-Price et al., 2019)

Gene level read mapping in Diet Intervention Studies (De Filippis et al., 2019)

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No differentially abundant genes found in the 2019 study.

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