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Cluster: HRGMv2_1878_CGC50

🧬 Cluster Details

Gene Type Contig ID Protein ID Start Stop Direction Protein Family
TC HRGMv2_1878_25 HRGMv2_1878_25_1 411 1205 - 2.C.1.2.1
TC HRGMv2_1878_25 HRGMv2_1878_25_2 1215 1736 - 2.C.1.2.1
TC HRGMv2_1878_25 HRGMv2_1878_25_3 1771 3063 - 2.C.1.2.1
TC HRGMv2_1878_25 HRGMv2_1878_25_4 3192 4571 - 2.C.1.2.1
TC HRGMv2_1878_25 HRGMv2_1878_25_5 4609 5037 - 1.A.30.2.2
TC HRGMv2_1878_25 HRGMv2_1878_25_6 5041 5733 - 1.A.30.2.2
pfam HRGMv2_1878_25 HRGMv2_1878_25_7 5730 6134 - 4HBT | 4HBT_2
TC HRGMv2_1878_25 HRGMv2_1878_25_8 6283 6567 - 8.A.79.1.1
TC HRGMv2_1878_25 HRGMv2_1878_25_9 6567 6680 - 9.B.85.1.1
TC HRGMv2_1878_25 HRGMv2_1878_25_10 6695 7834 - 3.D.4.3.2
TC HRGMv2_1878_25 HRGMv2_1878_25_11 7850 9418 - 3.D.4.3.2
CAZyme HRGMv2_1878_25 HRGMv2_1878_25_12 10094 12730 - GH38
TC HRGMv2_1878_25 HRGMv2_1878_25_13 12754 14670 - 4.A.2.1.3
Gene ID: HRGMv2_1878_25_1
Type: TC
Location: 411 - 1205 (-)
Gene ID: HRGMv2_1878_25_2
Type: TC
Location: 1215 - 1736 (-)
Gene ID: HRGMv2_1878_25_3
Type: TC
Location: 1771 - 3063 (-)
Gene ID: HRGMv2_1878_25_4
Type: TC
Location: 3192 - 4571 (-)
Gene ID: HRGMv2_1878_25_5
Type: TC
Location: 4609 - 5037 (-)
Gene ID: HRGMv2_1878_25_6
Type: TC
Location: 5041 - 5733 (-)
Gene ID: HRGMv2_1878_25_7
Type: pfam
Location: 5730 - 6134 (-)
Gene ID: HRGMv2_1878_25_8
Type: TC
Location: 6283 - 6567 (-)
Gene ID: HRGMv2_1878_25_9
Type: TC
Location: 6567 - 6680 (-)
Gene ID: HRGMv2_1878_25_10
Type: TC
Location: 6695 - 7834 (-)
Gene ID: HRGMv2_1878_25_11
Type: TC
Location: 7850 - 9418 (-)
Gene ID: HRGMv2_1878_25_12
Type: CAZyme
Location: 10094 - 12730 (-)
Gene ID: HRGMv2_1878_25_13
Type: TC
Location: 12754 - 14670 (-)

Taxonomic Lineage

Gene Level Read Mapping

  • Diet (De Filippis et al., 2019)
  • Diet (Huang et al., 2024)
  • IBD (Lloyd-Price et al., 2019)

Gene level read mapping in Diet Intervention Studies (De Filippis et al., 2019)

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Differentially Abundant Genes

Gene ID Condition Pair log2FC FDR P-value
HRGMv2_1878_25_13 vegetarian > omnivore 1.90672 0.02798
HRGMv2_1878_25_13 vegetarian > vegan 2.20826 0.01786

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