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Cluster: HRGMv2_1878_CGC43

🧬 Cluster Details

Gene Type Contig ID Protein ID Start Stop Direction Protein Family
TC HRGMv2_1878_21 HRGMv2_1878_21_51 60365 61465 + 1.B.42.1.2
TC HRGMv2_1878_21 HRGMv2_1878_21_52 61465 62547 + 1.B.42.1.2
STP HRGMv2_1878_21 HRGMv2_1878_21_53 62682 65015 + HATPase_c | HisKA | PAS | Response_reg
peptidase HRGMv2_1878_21 HRGMv2_1878_21_54 65244 65897 + C56.975
CAZyme HRGMv2_1878_21 HRGMv2_1878_21_55 65894 66619 + GT51
TC HRGMv2_1878_21 HRGMv2_1878_21_56 66616 66888 - 8.A.8.1.5
pfam HRGMv2_1878_21 HRGMv2_1878_21_57 66885 67739 - RapZ-like_N | PapZ_C
TC HRGMv2_1878_21 HRGMv2_1878_21_58 67785 68276 - 4.A.2.1.7
pfam HRGMv2_1878_21 HRGMv2_1878_21_59 68359 68646 - Ribosomal_S30AE
pfam HRGMv2_1878_21 HRGMv2_1878_21_60 68669 70102 - Sigma54_AID | Sigma54_DBD | Sigma54_CBD
TC HRGMv2_1878_21 HRGMv2_1878_21_61 70150 70875 - 1.B.42.1.2
TC HRGMv2_1878_21 HRGMv2_1878_21_62 70882 71457 - 1.B.42.1.2
TC HRGMv2_1878_21 HRGMv2_1878_21_63 71426 72001 - 1.B.42.1.2
pfam HRGMv2_1878_21 HRGMv2_1878_21_64 71998 72564 - Hydrolase_3
STP HRGMv2_1878_21 HRGMv2_1878_21_65 72579 73565 - CBS | CBS | SIS
TC HRGMv2_1878_21 HRGMv2_1878_21_66 73579 74556 - 2.A.19.5.1
TC HRGMv2_1878_21 HRGMv2_1878_21_67 74786 75598 + 3.A.1.27.3
TC HRGMv2_1878_21 HRGMv2_1878_21_68 75606 76388 + 3.A.1.27.3
TC HRGMv2_1878_21 HRGMv2_1878_21_69 76393 76947 + 3.A.1.27.3
TC HRGMv2_1878_21 HRGMv2_1878_21_70 76951 77589 + 3.A.1.27.3
TC HRGMv2_1878_21 HRGMv2_1878_21_71 77586 77879 + 3.A.1.27.3
Gene ID: HRGMv2_1878_21_51
Type: TC
Location: 60365 - 61465 (+)
Gene ID: HRGMv2_1878_21_52
Type: TC
Location: 61465 - 62547 (+)
Gene ID: HRGMv2_1878_21_53
Type: STP
Location: 62682 - 65015 (+)
Gene ID: HRGMv2_1878_21_54
Type: peptidase
Location: 65244 - 65897 (+)
Gene ID: HRGMv2_1878_21_55
Type: CAZyme
Location: 65894 - 66619 (+)
Gene ID: HRGMv2_1878_21_56
Type: TC
Location: 66616 - 66888 (-)
Gene ID: HRGMv2_1878_21_57
Type: pfam
Location: 66885 - 67739 (-)
Gene ID: HRGMv2_1878_21_58
Type: TC
Location: 67785 - 68276 (-)
Gene ID: HRGMv2_1878_21_59
Type: pfam
Location: 68359 - 68646 (-)
Gene ID: HRGMv2_1878_21_60
Type: pfam
Location: 68669 - 70102 (-)
Gene ID: HRGMv2_1878_21_61
Type: TC
Location: 70150 - 70875 (-)
Gene ID: HRGMv2_1878_21_62
Type: TC
Location: 70882 - 71457 (-)
Gene ID: HRGMv2_1878_21_63
Type: TC
Location: 71426 - 72001 (-)
Gene ID: HRGMv2_1878_21_64
Type: pfam
Location: 71998 - 72564 (-)
Gene ID: HRGMv2_1878_21_65
Type: STP
Location: 72579 - 73565 (-)
Gene ID: HRGMv2_1878_21_66
Type: TC
Location: 73579 - 74556 (-)
Gene ID: HRGMv2_1878_21_67
Type: TC
Location: 74786 - 75598 (+)
Gene ID: HRGMv2_1878_21_68
Type: TC
Location: 75606 - 76388 (+)
Gene ID: HRGMv2_1878_21_69
Type: TC
Location: 76393 - 76947 (+)
Gene ID: HRGMv2_1878_21_70
Type: TC
Location: 76951 - 77589 (+)
Gene ID: HRGMv2_1878_21_71
Type: TC
Location: 77586 - 77879 (+)

Taxonomic Lineage

Gene Level Read Mapping

  • Diet (De Filippis et al., 2019)
  • Diet (Huang et al., 2024)
  • IBD (Lloyd-Price et al., 2019)

Gene level read mapping in Diet Intervention Studies (De Filippis et al., 2019)

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Differentially Abundant Genes

Gene ID Condition Pair log2FC FDR P-value
HRGMv2_1878_21_70 vegetarian > vegan 1.58917 0.03350

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