Cluster: HRGMv2_1878_CGC3

🧬 Cluster Details

Gene Type	Contig ID	Protein ID	Start	Stop	Direction	Protein Family
CAZyme	HRGMv2_1878_1	HRGMv2_1878_1_187	207451	209748	+	GH3
TC	HRGMv2_1878_1	HRGMv2_1878_1_188	210295	211212	+	3.A.1.12.15
TC	HRGMv2_1878_1	HRGMv2_1878_1_189	211228	212385	+	3.A.1.12.15
TC	HRGMv2_1878_1	HRGMv2_1878_1_190	212378	213328	+	3.A.1.12.15
TC	HRGMv2_1878_1	HRGMv2_1878_1_191	213312	214049	+	3.A.1.12.15
NULL(UNKNOWN)	HRGMv2_1878_1	HRGMv2_1878_1_192	214024	214137	-	NULL(UNKNOWN) [View Structural Homologs]
TF	HRGMv2_1878_1	HRGMv2_1878_1_193	214197	214931	-	MerR
TC	HRGMv2_1878_1	HRGMv2_1878_1_194	215150	216838	+	9.B.33.1.1

Gene ID: HRGMv2_1878_1_187
Type: CAZyme
Location: 207451 - 209748 (+)

Gene ID: HRGMv2_1878_1_188
Type: TC
Location: 210295 - 211212 (+)

Gene ID: HRGMv2_1878_1_189
Type: TC
Location: 211228 - 212385 (+)

Gene ID: HRGMv2_1878_1_190
Type: TC
Location: 212378 - 213328 (+)

Gene ID: HRGMv2_1878_1_191
Type: TC
Location: 213312 - 214049 (+)

Gene ID: HRGMv2_1878_1_192
Type:
Location: 214024 - 214137 (-)

Gene ID: HRGMv2_1878_1_193
Type: TF
Location: 214197 - 214931 (-)

Gene ID: HRGMv2_1878_1_194
Type: TC
Location: 215150 - 216838 (+)

Taxonomic Lineage

Domain

→

Phylum

→

Class

→

Order

→

Family

→

Genus

→

Species

Gene Level Read Mapping

Gene level read mapping in Diet Intervention Studies (De Filippis et al., 2019)

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Gene ID	Condition Pair	log2FC	FDR P-value
HRGMv2_1878_1_188	vegetarian > omnivore	1.54708	0.02798
HRGMv2_1878_1_188	vegetarian > vegan	1.77070	0.03046
HRGMv2_1878_1_192	vegetarian > omnivore	3.58433	0.02412
HRGMv2_1878_1_192	vegetarian > vegan	2.50183	0.03350