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Cluster: HRGMv2_1784_CGC5

🧬 Cluster Details

Gene Type Contig ID Protein ID Start Stop Direction Protein Family
TC HRGMv2_1784_2 HRGMv2_1784_2_219 250632 251714 + 3.A.1.14.16
TC HRGMv2_1784_2 HRGMv2_1784_2_220 251711 252505 + 3.A.1.14.3
TC HRGMv2_1784_2 HRGMv2_1784_2_221 252573 253715 - 8.A.1.1.4
TC HRGMv2_1784_2 HRGMv2_1784_2_222 253715 254083 - 9.B.32.1.3
pfam HRGMv2_1784_2 HRGMv2_1784_2_223 254184 254825 - HTH_46
STP HRGMv2_1784_2 HRGMv2_1784_2_224 255074 255997 + PfkB
TC HRGMv2_1784_2 HRGMv2_1784_2_225 256163 257680 + 1.B.3.1.2
TC HRGMv2_1784_2 HRGMv2_1784_2_226 257817 259187 + 4.A.1.2.1
CAZyme HRGMv2_1784_2 HRGMv2_1784_2_227 259187 260587 + GH32
TF HRGMv2_1784_2 HRGMv2_1784_2_228 260618 261622 + LacI
pfam HRGMv2_1784_2 HRGMv2_1784_2_229 261818 262657 - PRD | PRD | CAT_RBD
CAZyme HRGMv2_1784_2 HRGMv2_1784_2_230 262654 264078 - GH1
TC HRGMv2_1784_2 HRGMv2_1784_2_231 264075 265955 - 4.A.1.2.11
TF HRGMv2_1784_2 HRGMv2_1784_2_232 266167 267096 - HTH_1
TC HRGMv2_1784_2 HRGMv2_1784_2_233 267304 268218 + 3.A.1.4.8
TC HRGMv2_1784_2 HRGMv2_1784_2_234 268229 269335 + 3.A.1.4.8
TC HRGMv2_1784_2 HRGMv2_1784_2_235 269332 270099 + 3.A.1.4.10
TC HRGMv2_1784_2 HRGMv2_1784_2_236 270092 270811 + 3.A.1.4.10
TC HRGMv2_1784_2 HRGMv2_1784_2_237 270837 271994 + 3.A.1.4.3
pfam HRGMv2_1784_2 HRGMv2_1784_2_238 272012 272494 + ATC_hydrolase
peptidase HRGMv2_1784_2 HRGMv2_1784_2_239 272491 273717 + M20.UNW
TC HRGMv2_1784_2 HRGMv2_1784_2_240 274022 275719 + 9.B.34.1.2
TC HRGMv2_1784_2 HRGMv2_1784_2_241 275820 276851 - 3.A.1.2.15
TC HRGMv2_1784_2 HRGMv2_1784_2_242 276862 278346 - 3.A.1.2.3
TC HRGMv2_1784_2 HRGMv2_1784_2_243 278380 279303 - 3.A.1.2.15
Gene ID: HRGMv2_1784_2_219
Type: TC
Location: 250632 - 251714 (+)
Gene ID: HRGMv2_1784_2_220
Type: TC
Location: 251711 - 252505 (+)
Gene ID: HRGMv2_1784_2_221
Type: TC
Location: 252573 - 253715 (-)
Gene ID: HRGMv2_1784_2_222
Type: TC
Location: 253715 - 254083 (-)
Gene ID: HRGMv2_1784_2_223
Type: pfam
Location: 254184 - 254825 (-)
Gene ID: HRGMv2_1784_2_224
Type: STP
Location: 255074 - 255997 (+)
Gene ID: HRGMv2_1784_2_225
Type: TC
Location: 256163 - 257680 (+)
Gene ID: HRGMv2_1784_2_226
Type: TC
Location: 257817 - 259187 (+)
Gene ID: HRGMv2_1784_2_227
Type: CAZyme
Location: 259187 - 260587 (+)
Gene ID: HRGMv2_1784_2_228
Type: TF
Location: 260618 - 261622 (+)
Gene ID: HRGMv2_1784_2_229
Type: pfam
Location: 261818 - 262657 (-)
Gene ID: HRGMv2_1784_2_230
Type: CAZyme
Location: 262654 - 264078 (-)
Gene ID: HRGMv2_1784_2_231
Type: TC
Location: 264075 - 265955 (-)
Gene ID: HRGMv2_1784_2_232
Type: TF
Location: 266167 - 267096 (-)
Gene ID: HRGMv2_1784_2_233
Type: TC
Location: 267304 - 268218 (+)
Gene ID: HRGMv2_1784_2_234
Type: TC
Location: 268229 - 269335 (+)
Gene ID: HRGMv2_1784_2_235
Type: TC
Location: 269332 - 270099 (+)
Gene ID: HRGMv2_1784_2_236
Type: TC
Location: 270092 - 270811 (+)
Gene ID: HRGMv2_1784_2_237
Type: TC
Location: 270837 - 271994 (+)
Gene ID: HRGMv2_1784_2_238
Type: pfam
Location: 272012 - 272494 (+)
Gene ID: HRGMv2_1784_2_239
Type: peptidase
Location: 272491 - 273717 (+)
Gene ID: HRGMv2_1784_2_240
Type: TC
Location: 274022 - 275719 (+)
Gene ID: HRGMv2_1784_2_241
Type: TC
Location: 275820 - 276851 (-)
Gene ID: HRGMv2_1784_2_242
Type: TC
Location: 276862 - 278346 (-)
Gene ID: HRGMv2_1784_2_243
Type: TC
Location: 278380 - 279303 (-)

Taxonomic Lineage

Gene Level Read Mapping

  • Diet (De Filippis et al., 2019)
  • Diet (Huang et al., 2024)
  • IBD (Lloyd-Price et al., 2019)

Gene level read mapping in Diet Intervention Studies (De Filippis et al., 2019)

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Differentially Abundant Genes

Gene ID Condition Pair log2FC FDR P-value
HRGMv2_1784_2_233 vegan > omnivore 1.02749 0.03428

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