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Cluster: HRGMv2_1635_CGC3

🧬 Cluster Details

Gene Type Contig ID Protein ID Start Stop Direction Protein Family
TC HRGMv2_1635_14 HRGMv2_1635_14_20 24916 25443 - 3.D.1.8.1
pfam HRGMv2_1635_14 HRGMv2_1635_14_21 25857 27209 - TRAM | tRNA_U5-meth_tr
TC HRGMv2_1635_14 HRGMv2_1635_14_22 27438 30980 - 3.A.1.106.12
CAZyme HRGMv2_1635_14 HRGMv2_1635_14_23 31191 32177 - GT2
pfam HRGMv2_1635_14 HRGMv2_1635_14_24 32445 32861 + GtrA_DPMS_TM
CAZyme HRGMv2_1635_14 HRGMv2_1635_14_25 32904 34310 + GT28
TC HRGMv2_1635_14 HRGMv2_1635_14_26 34356 35909 + 1.I.1.1.3
TF HRGMv2_1635_14 HRGMv2_1635_14_27 35937 36614 - Trans_reg_C
pfam HRGMv2_1635_14 HRGMv2_1635_14_28 36647 37990 - Gln-synt_C | Gln-synt_N
TC HRGMv2_1635_14 HRGMv2_1635_14_29 38324 39187 + 3.A.1.24.5
TC HRGMv2_1635_14 HRGMv2_1635_14_30 39217 39966 + 3.A.1.24.2
TC HRGMv2_1635_14 HRGMv2_1635_14_31 39970 40647 + 3.A.1.24.5
pfam HRGMv2_1635_14 HRGMv2_1635_14_32 40819 41229 - Pep_deformylase
TC HRGMv2_1635_14 HRGMv2_1635_14_33 41341 41961 - 9.B.18.1.2
STP HRGMv2_1635_14 HRGMv2_1635_14_34 41962 43191 - Aminotran_1_2
CAZyme HRGMv2_1635_14 HRGMv2_1635_14_35 43333 44619 - GT4
pfam HRGMv2_1635_14 HRGMv2_1635_14_36 44771 45169 - Fer4_9
TC HRGMv2_1635_14 HRGMv2_1635_14_37 45179 47575 - 5.A.3.3.1
Gene ID: HRGMv2_1635_14_20
Type: TC
Location: 24916 - 25443 (-)
Gene ID: HRGMv2_1635_14_21
Type: pfam
Location: 25857 - 27209 (-)
Gene ID: HRGMv2_1635_14_22
Type: TC
Location: 27438 - 30980 (-)
Gene ID: HRGMv2_1635_14_23
Type: CAZyme
Location: 31191 - 32177 (-)
Gene ID: HRGMv2_1635_14_24
Type: pfam
Location: 32445 - 32861 (+)
Gene ID: HRGMv2_1635_14_25
Type: CAZyme
Location: 32904 - 34310 (+)
Gene ID: HRGMv2_1635_14_26
Type: TC
Location: 34356 - 35909 (+)
Gene ID: HRGMv2_1635_14_27
Type: TF
Location: 35937 - 36614 (-)
Gene ID: HRGMv2_1635_14_28
Type: pfam
Location: 36647 - 37990 (-)
Gene ID: HRGMv2_1635_14_29
Type: TC
Location: 38324 - 39187 (+)
Gene ID: HRGMv2_1635_14_30
Type: TC
Location: 39217 - 39966 (+)
Gene ID: HRGMv2_1635_14_31
Type: TC
Location: 39970 - 40647 (+)
Gene ID: HRGMv2_1635_14_32
Type: pfam
Location: 40819 - 41229 (-)
Gene ID: HRGMv2_1635_14_33
Type: TC
Location: 41341 - 41961 (-)
Gene ID: HRGMv2_1635_14_34
Type: STP
Location: 41962 - 43191 (-)
Gene ID: HRGMv2_1635_14_35
Type: CAZyme
Location: 43333 - 44619 (-)
Gene ID: HRGMv2_1635_14_36
Type: pfam
Location: 44771 - 45169 (-)
Gene ID: HRGMv2_1635_14_37
Type: TC
Location: 45179 - 47575 (-)

Taxonomic Lineage

Gene Level Read Mapping

  • Diet (De Filippis et al., 2019)
  • Diet (Huang et al., 2024)
  • IBD (Lloyd-Price et al., 2019)

Gene level read mapping in Diet Intervention Studies (De Filippis et al., 2019)

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Differentially Abundant Genes

Gene ID Condition Pair log2FC FDR P-value
HRGMv2_1635_14_21 vegan > omnivore 1.34156 0.01185
HRGMv2_1635_14_21 vegetarian > omnivore 2.83373 0.00021
HRGMv2_1635_14_21 vegetarian > vegan 1.49217 0.00093
HRGMv2_1635_14_31 vegetarian > vegan 1.15678 0.00093
HRGMv2_1635_14_33 vegan > omnivore 1.27255 0.01185
HRGMv2_1635_14_33 vegetarian > omnivore 1.34951 0.00021
HRGMv2_1635_14_36 vegan > omnivore 1.58768 0.01185
HRGMv2_1635_14_36 vegetarian > omnivore 2.51321 0.00021

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