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Cluster: HRGMv2_1552_CGC1

🧬 Cluster Details

Gene Type Contig ID Protein ID Start Stop Direction Protein Family
CAZyme HRGMv2_1552_1 HRGMv2_1552_1_107 119298 120674 - GH13_20
TC HRGMv2_1552_1 HRGMv2_1552_1_108 120857 122053 - 2.A.1.2.18
TC HRGMv2_1552_1 HRGMv2_1552_1_109 122175 124535 - 9.A.8.1.6
pfam HRGMv2_1552_1 HRGMv2_1552_1_110 124866 125987 + DEDD_Tnp_IS110 | Transposase_20
peptidase HRGMv2_1552_1 HRGMv2_1552_1_111 126410 127312 - S09.UPW
TC HRGMv2_1552_1 HRGMv2_1552_1_112 127557 128120 + 4.A.1.2.6
pfam HRGMv2_1552_1 HRGMv2_1552_1_113 128302 129705 + tRNA-synt_2 | tRNA_anti-codon
NULL(UNKNOWN) HRGMv2_1552_1 HRGMv2_1552_1_114 129964 130749 + NULL(UNKNOWN)
[View Structural Homologs]
TC HRGMv2_1552_1 HRGMv2_1552_1_115 130910 131890 + 3.A.1.34.1
TC HRGMv2_1552_1 HRGMv2_1552_1_116 132095 133018 + 3.A.1.34.1
TC HRGMv2_1552_1 HRGMv2_1552_1_117 133011 133805 + 3.A.1.34.1
pfam HRGMv2_1552_1 HRGMv2_1552_1_118 133963 135990 + Metallophos | 5_nucleotid_C
TC HRGMv2_1552_1 HRGMv2_1552_1_119 136119 136886 + 1.A.23.4.2
pfam HRGMv2_1552_1 HRGMv2_1552_1_120 136980 138896 + Bmp
pfam HRGMv2_1552_1 HRGMv2_1552_1_121 138893 139603 + Metallophos | Metallophos_2
TC HRGMv2_1552_1 HRGMv2_1552_1_122 139729 140436 - 1.C.82.1.1
Gene ID: HRGMv2_1552_1_107
Type: CAZyme
Location: 119298 - 120674 (-)
Gene ID: HRGMv2_1552_1_108
Type: TC
Location: 120857 - 122053 (-)
Gene ID: HRGMv2_1552_1_109
Type: TC
Location: 122175 - 124535 (-)
Gene ID: HRGMv2_1552_1_110
Type: pfam
Location: 124866 - 125987 (+)
Gene ID: HRGMv2_1552_1_111
Type: peptidase
Location: 126410 - 127312 (-)
Gene ID: HRGMv2_1552_1_112
Type: TC
Location: 127557 - 128120 (+)
Gene ID: HRGMv2_1552_1_113
Type: pfam
Location: 128302 - 129705 (+)
Gene ID: HRGMv2_1552_1_114
Type:
Location: 129964 - 130749 (+)
Gene ID: HRGMv2_1552_1_115
Type: TC
Location: 130910 - 131890 (+)
Gene ID: HRGMv2_1552_1_116
Type: TC
Location: 132095 - 133018 (+)
Gene ID: HRGMv2_1552_1_117
Type: TC
Location: 133011 - 133805 (+)
Gene ID: HRGMv2_1552_1_118
Type: pfam
Location: 133963 - 135990 (+)
Gene ID: HRGMv2_1552_1_119
Type: TC
Location: 136119 - 136886 (+)
Gene ID: HRGMv2_1552_1_120
Type: pfam
Location: 136980 - 138896 (+)
Gene ID: HRGMv2_1552_1_121
Type: pfam
Location: 138893 - 139603 (+)
Gene ID: HRGMv2_1552_1_122
Type: TC
Location: 139729 - 140436 (-)

Taxonomic Lineage

Gene Level Read Mapping

  • Diet (De Filippis et al., 2019)
  • Diet (Huang et al., 2024)
  • IBD (Lloyd-Price et al., 2019)

Gene level read mapping in Diet Intervention Studies (De Filippis et al., 2019)

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Differentially Abundant Genes

Gene ID Condition Pair log2FC FDR P-value
HRGMv2_1552_1_110 vegan > omnivore 1.53629 0.01165
HRGMv2_1552_1_118 vegan > omnivore 1.54626 0.01165
HRGMv2_1552_1_118 vegetarian > omnivore 1.21342 0.02695

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