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Cluster: HRGMv2_1535_CGC2

🧬 Cluster Details

Gene Type Contig ID Protein ID Start Stop Direction Protein Family
CAZyme HRGMv2_1535_1 HRGMv2_1535_1_65 72797 73966 - CE9
STP HRGMv2_1535_1 HRGMv2_1535_1_66 74085 75251 - SIS | SIS
TF HRGMv2_1535_1 HRGMv2_1535_1_67 75366 76097 - GntR
TC HRGMv2_1535_1 HRGMv2_1535_1_68 76282 77364 - 4.A.6.1.4
TC HRGMv2_1535_1 HRGMv2_1535_1_69 77354 78154 - 4.A.6.1.4
TC HRGMv2_1535_1 HRGMv2_1535_1_70 78245 78727 - 4.A.6.1.4
pfam HRGMv2_1535_1 HRGMv2_1535_1_71 78764 79045 - YajC
TC HRGMv2_1535_1 HRGMv2_1535_1_72 79045 79488 - 4.A.6.1.16
Gene ID: HRGMv2_1535_1_65
Type: CAZyme
Location: 72797 - 73966 (-)
Gene ID: HRGMv2_1535_1_66
Type: STP
Location: 74085 - 75251 (-)
Gene ID: HRGMv2_1535_1_67
Type: TF
Location: 75366 - 76097 (-)
Gene ID: HRGMv2_1535_1_68
Type: TC
Location: 76282 - 77364 (-)
Gene ID: HRGMv2_1535_1_69
Type: TC
Location: 77354 - 78154 (-)
Gene ID: HRGMv2_1535_1_70
Type: TC
Location: 78245 - 78727 (-)
Gene ID: HRGMv2_1535_1_71
Type: pfam
Location: 78764 - 79045 (-)
Gene ID: HRGMv2_1535_1_72
Type: TC
Location: 79045 - 79488 (-)

Taxonomic Lineage

Gene Level Read Mapping

  • Diet (De Filippis et al., 2019)
  • Diet (Huang et al., 2024)
  • IBD (Lloyd-Price et al., 2019)

Gene level read mapping in Diet Intervention Studies (De Filippis et al., 2019)

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Differentially Abundant Genes

Gene ID Condition Pair log2FC FDR P-value
HRGMv2_1535_1_71 vegan > omnivore 1.12180 0.00566

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