dbCAN Logo

Cluster: HRGMv2_1501_CGC1

🧬 Cluster Details

Gene Type Contig ID Protein ID Start Stop Direction Protein Family
TC HRGMv2_1501_1 HRGMv2_1501_1_67 88253 89629 - 3.A.1.17.3
NULL(UNKNOWN) HRGMv2_1501_1 HRGMv2_1501_1_68 89633 90691 - NULL(UNKNOWN)
[View Structural Homologs]
TC HRGMv2_1501_1 HRGMv2_1501_1_69 90694 92505 - 3.D.1.5.1
STP HRGMv2_1501_1 HRGMv2_1501_1_70 92499 94331 - Pyr_redox_2
CAZyme HRGMv2_1501_1 HRGMv2_1501_1_71 94588 95970 - GH4
TC HRGMv2_1501_1 HRGMv2_1501_1_72 95974 97590 - 4.A.1.1.3
pfam HRGMv2_1501_1 HRGMv2_1501_1_73 97690 98556 - PRD | PRD | CAT_RBD
TC HRGMv2_1501_1 HRGMv2_1501_1_74 98563 99075 - 4.A.1.2.5
TC HRGMv2_1501_1 HRGMv2_1501_1_75 99521 101779 - 1.I.1.1.3
STP HRGMv2_1501_1 HRGMv2_1501_1_76 102377 103339 + FHA
STP HRGMv2_1501_1 HRGMv2_1501_1_77 103511 105595 + Pkinase
TC HRGMv2_1501_1 HRGMv2_1501_1_78 106010 108352 + 3.A.3.5.15
Gene ID: HRGMv2_1501_1_67
Type: TC
Location: 88253 - 89629 (-)
Gene ID: HRGMv2_1501_1_68
Type:
Location: 89633 - 90691 (-)
Gene ID: HRGMv2_1501_1_69
Type: TC
Location: 90694 - 92505 (-)
Gene ID: HRGMv2_1501_1_70
Type: STP
Location: 92499 - 94331 (-)
Gene ID: HRGMv2_1501_1_71
Type: CAZyme
Location: 94588 - 95970 (-)
Gene ID: HRGMv2_1501_1_72
Type: TC
Location: 95974 - 97590 (-)
Gene ID: HRGMv2_1501_1_73
Type: pfam
Location: 97690 - 98556 (-)
Gene ID: HRGMv2_1501_1_74
Type: TC
Location: 98563 - 99075 (-)
Gene ID: HRGMv2_1501_1_75
Type: TC
Location: 99521 - 101779 (-)
Gene ID: HRGMv2_1501_1_76
Type: STP
Location: 102377 - 103339 (+)
Gene ID: HRGMv2_1501_1_77
Type: STP
Location: 103511 - 105595 (+)
Gene ID: HRGMv2_1501_1_78
Type: TC
Location: 106010 - 108352 (+)

Taxonomic Lineage

Gene Level Read Mapping

  • Diet (De Filippis et al., 2019)
  • Diet (Huang et al., 2024)
  • IBD (Lloyd-Price et al., 2019)

Gene level read mapping in Diet Intervention Studies (De Filippis et al., 2019)

Loading chart...

Differentially Abundant Genes

Gene ID Condition Pair log2FC FDR P-value
HRGMv2_1501_1_67 vegan > omnivore 1.33847 0.00455

🧭 Explore Read Mapping of CGC

← Back to Cluster List