Cluster: HRGMv2_1023_CGC3

🧬 Cluster Details

Gene Type	Contig ID	Protein ID	Start	Stop	Direction	Protein Family
CAZyme	HRGMv2_1023_11	HRGMv2_1023_11_25	25431	26675	-	GT4
pfam	HRGMv2_1023_11	HRGMv2_1023_11_26	26690	27454	-	BcrAD_BadFG
pfam	HRGMv2_1023_11	HRGMv2_1023_11_27	27559	28722	-	HGD-D
TC	HRGMv2_1023_11	HRGMv2_1023_11_28	28800	29585	-	3.A.1.5.36
TC	HRGMv2_1023_11	HRGMv2_1023_11_29	29572	30570	-	3.A.1.5.35
TC	HRGMv2_1023_11	HRGMv2_1023_11_30	30574	31401	-	3.A.1.5.39
TC	HRGMv2_1023_11	HRGMv2_1023_11_31	31401	32354	-	3.A.1.5.11
TC	HRGMv2_1023_11	HRGMv2_1023_11_32	32443	34056	-	3.A.1.5.11
pfam	HRGMv2_1023_11	HRGMv2_1023_11_33	34292	35575	-	HGD-D
TC	HRGMv2_1023_11	HRGMv2_1023_11_34	36014	37084	-	3.A.1.1.3
TC	HRGMv2_1023_11	HRGMv2_1023_11_35	37088	38569	-	3.A.1.8.1

Gene ID: HRGMv2_1023_11_25
Type: CAZyme
Location: 25431 - 26675 (-)

Gene ID: HRGMv2_1023_11_26
Type: pfam
Location: 26690 - 27454 (-)

Gene ID: HRGMv2_1023_11_27
Type: pfam
Location: 27559 - 28722 (-)

Gene ID: HRGMv2_1023_11_28
Type: TC
Location: 28800 - 29585 (-)

Gene ID: HRGMv2_1023_11_29
Type: TC
Location: 29572 - 30570 (-)

Gene ID: HRGMv2_1023_11_30
Type: TC
Location: 30574 - 31401 (-)

Gene ID: HRGMv2_1023_11_31
Type: TC
Location: 31401 - 32354 (-)

Gene ID: HRGMv2_1023_11_32
Type: TC
Location: 32443 - 34056 (-)

Gene ID: HRGMv2_1023_11_33
Type: pfam
Location: 34292 - 35575 (-)

Gene ID: HRGMv2_1023_11_34
Type: TC
Location: 36014 - 37084 (-)

Gene ID: HRGMv2_1023_11_35
Type: TC
Location: 37088 - 38569 (-)

Taxonomic Lineage

Domain

→

Phylum

→

Class

→

Order

→

Family

→

Genus

→

Gene Level Read Mapping

Gene level read mapping in Diet Intervention Studies (De Filippis et al., 2019)

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Gene ID	Condition Pair	log2FC	FDR P-value
HRGMv2_1023_11_28	vegan > omnivore	2.74729	0.01882
HRGMv2_1023_11_29	vegan > omnivore	1.64755	0.01882
HRGMv2_1023_11_30	vegan > omnivore	3.83653	0.01882
HRGMv2_1023_11_31	vegan > omnivore	3.55395	0.01882
HRGMv2_1023_11_32	vegan > omnivore	3.62445	0.01882