CAZyme3D

You are here: Home Cite us: 2025

Entry ID

Information for CAZyme ID: UYX04050.1

Basic Information

GenBank IDUYX04050.1
FamilyGH32
Sequence Length1616
UniProt IDA0A9Q7IWS9(100,100)Download
Average pLDDT?78.25
CAZy50 ID3105
CAZy50 RepYes, UYX04050.1
Structure ClusterSC_GH32_clus57
EC Number(s)-
Substrates(s)-

Taxonomy

Tax ID113557
KingdomBacteria
PhylumBacillota
ClassBacilli
OrderLactobacillales
FamilyLactobacillaceae
GenusLacticaseibacillus
SpeciesLacticaseibacillus paracasei

Protein Sequence:
90 < plddt <=100;
70 < plddt <= 90;
50 < plddt <= 70;
0 <= plddt <= 50;     Download help

MEMDEKKHYK  MYKSKSVWVF  ACLSTCLIVS  FFNDGQNVSA  ATSASSTQIS  QTNTGSQPNN60
ETTGETAQSS  VNSTATASSS  SVADLPSSSD  SKTSIGSTIS  QPAVDKKETS  KSDTADNDLT120
KSVTTSDSDK  ALSTSKTTLP  TSNEQVQSSV  GQSQTDQPAS  SATIASNAVT  SDVSQNDQYN180
EPYRNQYHYS  SSQNWINDPN  GLFYDSKTGL  YNLYYQYNPE  GNQWGNMSWG  HAVSKDLINW240
TQEDVAIPML  QNQGWEDFTY  TNTTGSLKDK  GEVRYVGVPT  TNWGDADGKK  AIFSGSIVVD300
TNNVSGLGKD  AILAFYTADY  QIATRKNDGA  EDGWGTWIGL  TEIQEQHLAY  SLDGGKTFIQ360
YSKDGNAANP  QAIIPTSMNQ  GGDAANFRDP  SVVYDAVNKQ  YYLTVVSGQQ  ALIYKSSNLL420
DWTYASKIER  ENDVGNGVWE  CPSLVPMKVA  GTNETKWVFC  ISVQQGAHAT  GSGMQYYVGN480
MTADGTWVPE  SSKTLQNPMT  MDSGEDFYAG  IPFSNMPDGR  TVMLAWQSNW  SYVDEAKTSP540
WSGNMTLPRE  LSLKKNADTT  DGYLLTNTVV  KEIANNEEAN  VINKAESNFT  VSRSDEQVQY600
EGKQYKISAT  FSWDEADKPK  SVGFKLRVSD  DQKYDMIVGY  DLTTGLLYVQ  RLNTGEPNMG660
APRDKMNATV  NADGSITITV  YVDETSIEAF  ANDGEKSITQ  NFFMRPENIG  DQATTGVYVY720
SNDGTTKISD  LTINPITSIW  NSTGQLTEKF  VDENGNTIAS  DKIQTGRVGQ  SYTSESATIP780
GYVFVKENTD  HINSNQLYTT  QNQTITYTYR  ASQASVVTKD  TTLAAGPSAA  WNAADNLVGA840
TDADGNALAV  SDLTVNGAVD  PKTPGTYTVT  YSYTDATGNK  ISKKATVTVI  ASKADIVTKD900
TTMVAGASTI  WNAADNFVEA  KNADGNALTV  SDLMINGTVD  SKTPGTYTVT  YSYTDAAGNK960
ISKEATVTVI  ASKADIVTKD  TTMVAGPSAT  WNAVDNFVEA  TGADGNTLAL  SDLTVNGAVD1020
PKTPGTYTVT  YSYTDVAGNK  ISKEATVTVI  ASKADIVTKD  TTMVAGPSAT  WNAADNLVIA1080
TDAKGNALAL  SNLTVTGSVD  SKTPGTYTVT  YSYTDAAGNK  ISKEATVTVI  ASKADIVTKD1140
TTMVAGPSAT  WNAVDNFVEA  TGADGNALAL  SDLTVNGAVD  PKTPGTYTVT  YSYTNAAGNK1200
ISKEATVTVI  ASKADIVTKD  TTMVAGPSAT  WNAVDNFVEA  TGADGNTLAL  SDLTVNGAVD1260
PKTPGTYTVT  YSYTDVAGNK  ISKEATVTVI  ASKADIVTKD  TTMVAGPSAT  WNAADNLVIA1320
TDAKGNALAL  SNLTVTGSVD  SKTPGTYTVT  YSYTNAAGNK  ISKEATATVI  ASKADIVTKD1380
TTMVAGPSAA  WNAVDNFVEA  TGADGNTLAL  SDLTVNGTVD  SKTPGTYTVT  YSYTDPAGNK1440
ISKEATVTVI  ASKADIVTKD  TTMVAGPSAA  WNAANNLVSA  TDADGNAVAM  SNLTVTGTVD1500
LKTQGTYTVT  YTYTDVAGNK  ISKEATVTVL  TEKETNIEDN  TGSSISNDRE  NPPASITGKG1560
GDDIHQNAKT  TMTKKKTETL  PQTGNHVNEL  AIVLGQMILA  ICVGGILWLK  RRVKRV1616

Predicted 3D structure by AlphaFold2 with pLDDT = 78.25 ; Download help

pLDDT is for per-residue accuracy of the structure, which representes the quality of the residue. A higher value indicates better prediction accuracy. More detail please see AlphaFold .

Residues were colored according to plddt ( blue-> high quality; red-> low quality ).

Full Sequence:
CAPSIF:V and CAPSIF:G =99.9;
CAPSIF:V =59.9;
CAPSIF:G =40;
Non-Binding=0;     Download help

MEMDEKKHYK  MYKSKSVWVF  ACLSTCLIVS  FFNDGQNVSA  ATSASSTQIS  QTNTGSQPNN60
ETTGETAQSS  VNSTATASSS  SVADLPSSSD  SKTSIGSTIS  QPAVDKKETS  KSDTADNDLT120
KSVTTSDSDK  ALSTSKTTLP  TSNEQVQSSV  GQSQTDQPAS  SATIASNAVT  SDVSQNDQYN180
EPYRNQYHYS  SSQNWINDPN  GLFYDSKTGL  YNLYYQYNPE  GNQWGNMSWG  HAVSKDLINW240
TQEDVAIPML  QNQGWEDFTY  TNTTGSLKDK  GEVRYVGVPT  TNWGDADGKK  AIFSGSIVVD300
TNNVSGLGKD  AILAFYTADY  QIATRKNDGA  EDGWGTWIGL  TEIQEQHLAY  SLDGGKTFIQ360
YSKDGNAANP  QAIIPTSMNQ  GGDAANFRDP  SVVYDAVNKQ  YYLTVVSGQQ  ALIYKSSNLL420
DWTYASKIER  ENDVGNGVWE  CPSLVPMKVA  GTNETKWVFC  ISVQQGAHAT  GSGMQYYVGN480
MTADGTWVPE  SSKTLQNPMT  MDSGEDFYAG  IPFSNMPDGR  TVMLAWQSNW  SYVDEAKTSP540
WSGNMTLPRE  LSLKKNADTT  DGYLLTNTVV  KEIANNEEAN  VINKAESNFT  VSRSDEQVQY600
EGKQYKISAT  FSWDEADKPK  SVGFKLRVSD  DQKYDMIVGY  DLTTGLLYVQ  RLNTGEPNMG660
APRDKMNATV  NADGSITITV  YVDETSIEAF  ANDGEKSITQ  NFFMRPENIG  DQATTGVYVY720
SNDGTTKISD  LTINPITSIW  NSTGQLTEKF  VDENGNTIAS  DKIQTGRVGQ  SYTSESATIP780
GYVFVKENTD  HINSNQLYTT  QNQTITYTYR  ASQASVVTKD  TTLAAGPSAA  WNAADNLVGA840
TDADGNALAV  SDLTVNGAVD  PKTPGTYTVT  YSYTDATGNK  ISKKATVTVI  ASKADIVTKD900
TTMVAGASTI  WNAADNFVEA  KNADGNALTV  SDLMINGTVD  SKTPGTYTVT  YSYTDAAGNK960
ISKEATVTVI  ASKADIVTKD  TTMVAGPSAT  WNAVDNFVEA  TGADGNTLAL  SDLTVNGAVD1020
PKTPGTYTVT  YSYTDVAGNK  ISKEATVTVI  ASKADIVTKD  TTMVAGPSAT  WNAADNLVIA1080
TDAKGNALAL  SNLTVTGSVD  SKTPGTYTVT  YSYTDAAGNK  ISKEATVTVI  ASKADIVTKD1140
TTMVAGPSAT  WNAVDNFVEA  TGADGNALAL  SDLTVNGAVD  PKTPGTYTVT  YSYTNAAGNK1200
ISKEATVTVI  ASKADIVTKD  TTMVAGPSAT  WNAVDNFVEA  TGADGNTLAL  SDLTVNGAVD1260
PKTPGTYTVT  YSYTDVAGNK  ISKEATVTVI  ASKADIVTKD  TTMVAGPSAT  WNAADNLVIA1320
TDAKGNALAL  SNLTVTGSVD  SKTPGTYTVT  YSYTNAAGNK  ISKEATATVI  ASKADIVTKD1380
TTMVAGPSAA  WNAVDNFVEA  TGADGNTLAL  SDLTVNGTVD  SKTPGTYTVT  YSYTDPAGNK1440
ISKEATVTVI  ASKADIVTKD  TTMVAGPSAA  WNAANNLVSA  TDADGNAVAM  SNLTVTGTVD1500
LKTQGTYTVT  YTYTDVAGNK  ISKEATVTVL  TEKETNIEDN  TGSSISNDRE  NPPASITGKG1560
GDDIHQNAKT  TMTKKKTETL  PQTGNHVNEL  AIVLGQMILA  ICVGGILWLK  RRVKRV1616

Carbohydrate binding residues Predicted by CAPSIF from 3D structure; Download help

Residues were colored according to prediction score:

Nonbinder, CAPSIF:G Predicted Binder, CAPSIF:V Predicted Binder, CAPSIF:V and CAPSIF:G Predicted Binder

CArbohydrate–Protein interaction Site IdentiFier (CAPSIF) that predicts non-covalent carbohydrate-binding sites on proteins: (1) a 3D-UNet voxel-based neural network model (CAPSIF:V) and (2) an equivariant graph neural network model (CAPSIF:G).

Details:
⋆B-Factor = 0.0 : Nonbinder.
⋆B-Factor = 40.0 : CAPSIF:G Predicted Binder.
⋆B-Factor = 59.9 : CAPSIF:V Predicted Binder.
⋆B-Factor = 99.9 : CAPSIF:V and CAPSIF:G Predicted Binder.

For more detail please see CAPSIF.

Full Sequence:
AA;
CE;
PL;
GH;
GT;
CBM;     Download structure help

dbCAN3 predicted domain(s) : GH32(188-556)

MEMDEKKHYK  MYKSKSVWVF  ACLSTCLIVS  FFNDGQNVSA  ATSASSTQIS  QTNTGSQPNN60
ETTGETAQSS  VNSTATASSS  SVADLPSSSD  SKTSIGSTIS  QPAVDKKETS  KSDTADNDLT120
KSVTTSDSDK  ALSTSKTTLP  TSNEQVQSSV  GQSQTDQPAS  SATIASNAVT  SDVSQNDQYN180
EPYRNQYHYS  SSQNWINDPN  GLFYDSKTGL  YNLYYQYNPE  GNQWGNMSWG  HAVSKDLINW240
TQEDVAIPML  QNQGWEDFTY  TNTTGSLKDK  GEVRYVGVPT  TNWGDADGKK  AIFSGSIVVD300
TNNVSGLGKD  AILAFYTADY  QIATRKNDGA  EDGWGTWIGL  TEIQEQHLAY  SLDGGKTFIQ360
YSKDGNAANP  QAIIPTSMNQ  GGDAANFRDP  SVVYDAVNKQ  YYLTVVSGQQ  ALIYKSSNLL420
DWTYASKIER  ENDVGNGVWE  CPSLVPMKVA  GTNETKWVFC  ISVQQGAHAT  GSGMQYYVGN480
MTADGTWVPE  SSKTLQNPMT  MDSGEDFYAG  IPFSNMPDGR  TVMLAWQSNW  SYVDEAKTSP540
WSGNMTLPRE  LSLKKNADTT  DGYLLTNTVV  KEIANNEEAN  VINKAESNFT  VSRSDEQVQY600
EGKQYKISAT  FSWDEADKPK  SVGFKLRVSD  DQKYDMIVGY  DLTTGLLYVQ  RLNTGEPNMG660
APRDKMNATV  NADGSITITV  YVDETSIEAF  ANDGEKSITQ  NFFMRPENIG  DQATTGVYVY720
SNDGTTKISD  LTINPITSIW  NSTGQLTEKF  VDENGNTIAS  DKIQTGRVGQ  SYTSESATIP780
GYVFVKENTD  HINSNQLYTT  QNQTITYTYR  ASQASVVTKD  TTLAAGPSAA  WNAADNLVGA840
TDADGNALAV  SDLTVNGAVD  PKTPGTYTVT  YSYTDATGNK  ISKKATVTVI  ASKADIVTKD900
TTMVAGASTI  WNAADNFVEA  KNADGNALTV  SDLMINGTVD  SKTPGTYTVT  YSYTDAAGNK960
ISKEATVTVI  ASKADIVTKD  TTMVAGPSAT  WNAVDNFVEA  TGADGNTLAL  SDLTVNGAVD1020
PKTPGTYTVT  YSYTDVAGNK  ISKEATVTVI  ASKADIVTKD  TTMVAGPSAT  WNAADNLVIA1080
TDAKGNALAL  SNLTVTGSVD  SKTPGTYTVT  YSYTDAAGNK  ISKEATVTVI  ASKADIVTKD1140
TTMVAGPSAT  WNAVDNFVEA  TGADGNALAL  SDLTVNGAVD  PKTPGTYTVT  YSYTNAAGNK1200
ISKEATVTVI  ASKADIVTKD  TTMVAGPSAT  WNAVDNFVEA  TGADGNTLAL  SDLTVNGAVD1260
PKTPGTYTVT  YSYTDVAGNK  ISKEATVTVI  ASKADIVTKD  TTMVAGPSAT  WNAADNLVIA1320
TDAKGNALAL  SNLTVTGSVD  SKTPGTYTVT  YSYTNAAGNK  ISKEATATVI  ASKADIVTKD1380
TTMVAGPSAA  WNAVDNFVEA  TGADGNTLAL  SDLTVNGTVD  SKTPGTYTVT  YSYTDPAGNK1440
ISKEATVTVI  ASKADIVTKD  TTMVAGPSAA  WNAANNLVSA  TDADGNAVAM  SNLTVTGTVD1500
LKTQGTYTVT  YTYTDVAGNK  ISKEATVTVL  TEKETNIEDN  TGSSISNDRE  NPPASITGKG1560
GDDIHQNAKT  TMTKKKTETL  PQTGNHVNEL  AIVLGQMILA  ICVGGILWLK  RRVKRV1616

Predicted CAZyme domains from dbCAN; Download help

Domains were colored according to CAZyme classification: (AA), (CE), (PL), (GH), (GT), (CBM), & (Null)

dbCAN3 server is a web server for automated Carbohydrate-active enzyme ANnotation.

Details:
dbCAN3 server integrates three state-of-the-art tools/databases for automated CAZyme annotation:
⋆HMMER search for CAZyme family annotation vs. dbCAN CAZyme domain HMM database
⋆DIAMOND search for BLAST hits in the CAZy database
⋆HMMER search for CAZyme subfamily annotation vs. dbCAN-sub HMM database of CAZyme subfamilies (derived from eCAMI classification of CAZyDB families)

For more details, please see dbCAN3.

Similarites between the same cluster seqeunces from DIAMOND; Download help