LOCUS       AY230005                6200 bp    DNA     linear   BCT 02-SEP-2003
DEFINITION  Spiroplasma citri strain GII-3 trehalose operon, complete sequence.
ACCESSION   AY230005
VERSION     AY230005.1
KEYWORDS    .
SOURCE      Spiroplasma citri
  ORGANISM  Spiroplasma citri
            Bacteria; Tenericutes; Mollicutes; Entomoplasmatales;
            Spiroplasmataceae; Spiroplasma.
REFERENCE   1  (bases 1 to 6200)
  AUTHORS   Andre,A., Maccheroni,W., Doignon,F., Garnier,M. and Renaudin,J.
  TITLE     Glucose and trehalose PTS permeases of Spiroplasma citri probably
            share a single IIA domain, enabling the spiroplasma to adapt quickly
            to carbohydrate changes in its environment
  JOURNAL   Microbiology (Reading, Engl.) 149 (PT 9), 2687-2696 (2003)
   PUBMED   12949193
REFERENCE   2  (bases 1 to 6200)
  AUTHORS   Maccheroni,W. Jr., Foissac,X., Carle,P., Saillard,C., Laigret,F. and
            Renaudin,J.L.
  TITLE     Direct Submission
  JOURNAL   Submitted (04-FEB-2003) UMR GDPP, IBVM, INRA, 71 avenue Edouard
            Bourlaux, Villenave d'Ornon 33883, France
FEATURES             Location/Qualifiers
     source          1..6200
                     /organism="Spiroplasma citri"
                     /mol_type="genomic DNA"
                     /strain="GII-3"
                     /db_xref="taxon:2133"
     gene            53..6090
                     /gene="trehalose operon"
     CDS             53..841
                     /codon_start=1
                     /transl_table=4
                     /product="rRNA methylase"
                     /protein_id="AAP55640.1"
                     /translation="MNYREINSAQNEHIKLLAKLKEKKYRKEFNLALIEGWNIIDEALQ
                     HNLVVEILTTKINQRKLKNFNNILLTIVSESILTKLSQSKNSQNIIGVIDLTKVKEQNN
                     FQFNQNILLLENIQDPGNVGTLIRTGLGFGFTNIILYNHTVDLFNDKVLRASQGAIFKV
                     AIKEANLIEIKNFQLNRYKIITTGLKRQSVFLQDCHCQFKQNERYILALGNEGHGLSTT
                     LQEISDYNVQIKINSQLESLNVAQAGTILMYEINRQMEEK"
     CDS             841..1440
                     /note="GTPase"
                     /codon_start=1
                     /transl_table=4
                     /product="GTP binding protein"
                     /protein_id="AAP55641.1"
                     /translation="MFKFKNANYITSAVNKAGWINDDLFEIAFLGKSNVGKSSFLNMLT
                     NQRQLAKVSQIPGKTRMLNFFSINNNQFRIVDAPGYGFAKVGNQYKMDFAKMMEEYLTQ
                     RENLKFVCLLVDLRHPPTQDDYEMYQYLKHFNILTVLIGTKLDKVKKNDIQKHEKMIKA
                     KLNFADSDYFIKTSSRNKIARDECWTLFAKLLNFNE"
     CDS             1533..1796
                     /codon_start=1
                     /transl_table=4
                     /product="unknown"
                     /protein_id="AAP55642.1"
                     /translation="MNNFSLTKEKGLSQKIFKKIPWFYHVIFLMTGIVAGLLFQFLYIK
                     RWDFPYFFIFIIAIIMLYCVLFLLFSPIIKQNWFLKKGFNEK"
     gene            1786..2775
                     /gene="treR"
     CDS             1786..2775
                     /gene="treR"
                     /codon_start=1
                     /transl_table=4
                     /product="DBD-Pfam|LacI,DBD-SUPERFAMILY|0036955"
                     /protein_id="AAP55643.1"
                     /translation="MKNKKISIKTIAAECGVGIGTVSRYFNGGYVSQEKRLLIQKVVEK
                     YNFQPDFAAHSIKKKMLEVYILIPDLTSSNTFIVKSILKQINNDFTKIVPFVVETTYDE
                     DRYLLHLQEIVRRNPAALILFTISNDGNIRAFLQTINIPIIVYGRQWGDTVFINNDNEM
                     MYALLQEMANNHEFDKKKEILYIGENPVTNLPTGFARYDTVADWFNGRNYRFQTHFFFE
                     NQERIIWELVKTINLNNKIIIAGTHTCYKVVISFLMKNNITNSLVTDICNSNDFFLSIL
                     PKHYYIAINYSELATKIIIKLKQILDGNNITKDKTIECLSYEIKTFLK"
     gene            2844..4412
                     /gene="treP"
     CDS             2844..4412
                     /gene="treP"
                     /note="trehalose-PTS permease"
                     /codon_start=1
                     /transl_table=4
                     /product="gnl|TC-DB|P36672|4.A.1.2.4"
                     /protein_id="AAP55644.1"
                     /translation="MTKKTYTTEIVALIPLLGGIDNIISYTHCVSRIRLVLKDNTKANS
                     KEIEELDNVKGTVQPIGQYHIVIGPDVNNYFAEFKKYLTSKTEKLGENITNESTVKKGK
                     WYQRLLQHFSEIFIPLVPALIAGGLILGFRNILEANWNGEGTSLVSISGFAKGLDDFLW
                     IPAQAVFWYIPVIICWSIFAKMGGSPVLGIIIGLTLLLPPLVDIFEIAKGAKNSLWIFD
                     VAPTFDFGAWSFPWKIQYTGQVIPTIGVAFFGVYLEKGLNRIVHAVLKQIFVPLLTILL
                     SFTVGLCLIGPVGYIIGSAISVGLRWALVNPIAKYFFGPILGLLYAPIVITGVHTMLNA
                     VMIQDTVQIGGTFIFPILCISNIAQGSASLMFTINNRKNPKMKEIGISATTSAWLAVTE
                     PALYGINLRFLYPFLASIVGSASGAMLLTVAGVTSNGIGNGAWLGILSIQSFSQVQGVQ
                     TFIGTGYTWFILSALLTMSVTMALTWFLEKLPRFTKLRDEILQVKGTSLISFKKQPKVV
                     ENISK"
     gene            4441..6090
                     /gene="treA"
     CDS             4441..6090
                     /gene="treA"
                     /codon_start=1
                     /transl_table=4
                     /product="GH13_29|GH13"
                     /protein_id="AAP55645.1"
                     /translation="MNKINFQEAIVYEIHPQSFYDSNHDGVGDLQGIIQKLDYLAMLGV
                     NYLWLNPIYVSPQKDNGYDVSDYKNINPLFGTMNDFEMLVTEAGKRNIYIMMDMIFNHC
                     STEHEWFQKAQTGNLDYLQRFFFLPGDKAKCPNNWQSKFGGSVWEYHDELKMFYLHLFD
                     KTQVDLNWKNESLRQHIYQIVNYWLQKGVRGLRFDVINLIGKPNIFENDLTGDGRKYYT
                     DTPQVHTYLQEMAQNTYLKTNDIITVGELSSTSIKQAILYTKPVSQELNMAFTFHHLKI
                     DYLNNEKWKLAPYDPAKLVAKIKEWQIPVQAAGGWLANFLNNHDQPRALSRFGDPENYR
                     FESATALAAVVLLLRGTPYLYQGEEFGMENNNYTKIEQLKDVESINYYHILQKEGEQPN
                     AILEVLSARSRDNARTPMQWNNQQFAGFSTHKPWIDVNTNYLKINWEKDYHSSQSIFKA
                     YQMLIQLRKNNLAFSYGEIEFVEIDPTILSFYRYYEKNKFLVLINLSDQTIMIPDNLLS
                     EKTIYNNYSTFEKKINPYQVIVFDYLMAKSFK"
ORIGIN
        1 aataccttgt tggttttatg tatgttaatt aagaaagaaa gaatccgata ttatgaatta
       61 tcgagaaatt aattcagcgc aaaatgaaca tattaaatta ttggcaaaat taaaagaaaa
      121 aaaatatcga aaagaattta atttagcctt aattgaagga tggaacatta ttgatgaagc
      181 attacagcac aaccttgttg ttgaaatttt aacaacaaaa ataaatcaac gaaaattaaa
      241 aaattttaat aatattttat taacaatagt ttccgaatca attttaacta aattaagtca
      301 aagtaaaaat agtcaaaata ttatcggtgt gattgattta actaaggtta aggaacaaaa
      361 taattttcaa ttcaatcaaa atattctttt attagaaaac atccaagacc caggtaatgt
      421 aggaacatta ataagaactg ggcttggttt tggttttaca aatattattt tgtataatca
      481 tactgttgac ctttttaatg ataaagtatt acgtgctagt caaggtgcta tttttaaagt
      541 cgcaattaaa gaagccaatt taattgaaat taaaaatttc caattaaacc gatataaaat
      601 tattacaact ggtttaaaac gacaaagtgt ctttttacaa gattgccatt gccagtttaa
      661 acaaaatgaa cgatatatct tagcattagg taatgaggga catggacttt caacaacatt
      721 gcaagaaatt agtgattata atgtccaaat taaaattaat tcacaacttg agtcattaaa
      781 tgttgctcaa gcaggaacaa ttttaatgta tgaaattaat cgtcagatgg aggaaaaata
      841 atgtttaagt ttaaaaatgc gaattatatt acatcagcgg ttaataaagc aggttgaatt
      901 aacgatgatt tatttgaaat tgctttttta gggaaaagta atgttggtaa atcaagtttt
      961 ttaaatatgt taacaaatca acgtcaatta gcaaaagttt ctcaaattcc cgggaaaacg
     1021 cggatgctaa atttcttttc aattaataat aaccaatttc gaattgttga tgcaccagga
     1081 tatgggtttg caaaagttgg taatcaatat aagatggatt ttgcaaaaat gatggaagaa
     1141 tatttaactc aacgagaaaa tttaaaattt gtttgtttat tagtagactt acggcatcca
     1201 ccaacacaag atgattatga aatgtatcaa tatttaaagc attttaacat tttaacagtt
     1261 ttaattggaa caaaacttga taaggtaaaa aagaatgata ttcaaaagca tgaaaagatg
     1321 attaaggcta aattaaattt cgctgatagt gattatttta ttaaaacatc aagtcgaaat
     1381 aaaatcgctc gtgatgaatg ttggacatta tttgcaaaat tattaaattt taatgaatag
     1441 ttaaaatatt ttgaattaaa aaacttatta aacttattaa aacaatttct attaaattag
     1501 catataatta tagcacataa ggagtgaata aaatgaataa tttttcattg acaaaagaaa
     1561 aaggcctttc acaaaaaatt tttaaaaaaa ttccatgatt ttatcatgtc atttttctta
     1621 tgactggaat tgtagctgga cttttatttc aatttttata tattaaacga tgagattttc
     1681 cttatttttt tatttttatt attgcgataa taatgcttta ttgtgtacta tttttattat
     1741 ttagtcccat tattaagcaa aattgatttt taaaaaaagg ttttaatgaa aaataaaaaa
     1801 atttcaatta aaacaattgc tgctgagtgt ggcgttggta ttgggacggt atcacgttat
     1861 ttcaatggtg gttatgttag tcaggaaaag cgtcttttaa ttcaaaaagt tgtggaaaaa
     1921 tataattttc aacctgattt tgctgcgcat tcaattaaaa agaaaatgtt agaagtatat
     1981 attttaattc ctgatttaac aagtagtaat acgtttattg ttaaatcaat tttaaaacaa
     2041 attaataatg attttactaa aattgttcct tttgttgttg aaacaactta tgatgaggat
     2101 cgttatttat tacatttaca agaaattgta cgccgtaacc cggctgcttt aattttattt
     2161 acgattagta atgatggaaa tattagagcc tttttacaga caattaatat tccaattatt
     2221 gtatatggtc gtcaatgagg agataccgtg tttattaata atgataatga aatgatgtat
     2281 gctttactcc aagaaatggc aaataatcat gaatttgaca agaaaaaaga aattctttat
     2341 attggagaga atccggtgac aaatttacca actggatttg ctcgatatga tactgttgct
     2401 gattgattta atggtcgcaa ttatcgattt caaacgcact ttttttttga gaatcaagaa
     2461 cgaataattt gagaattagt caaaacaatt aatttaaata ataaaattat tattgcagga
     2521 acacatactt gctataaagt tgtgatttcc tttttaatga aaaataatat tactaatagt
     2581 ttggtcacag atatttgtaa tagtaatgac ttttttctat caattttacc aaaacattat
     2641 tatattgcca ttaactatag tgaattagca acaaaaataa ttattaagtt aaagcaaatt
     2701 ttagatggaa ataatataac aaaagataaa acaattgaat gtttaagtta tgagattaaa
     2761 acttttttaa aataagttta tattttaaaa aatgtgtatt ataatcaaga tatggaaatg
     2821 attccataca ggagataaaa attatgacaa aaaaaacata tactactgaa atagtagcgt
     2881 taattccgtt attgggagga attgacaata ttatttcata tactcattgt gtttcccgga
     2941 ttagattagt tttaaaagac aatacaaaag caaattcaaa ggaaatcgaa gaattagata
     3001 atgttaaagg aacggttcaa ccaattggac aatatcatat tgtaattgga cctgatgtca
     3061 ataattattt tgctgaattt aaaaaatact taacttctaa gacagaaaaa ttaggagaaa
     3121 atataacaaa tgaatcaaca gtaaaaaaag gaaaatgata tcaacgctta ttacaacatt
     3181 tttcagaaat ctttattcca ctagtcccag ccttaatagc ggggggatta attttaggat
     3241 ttcgtaacat tttagaagca aattggaatg gcgaaggaac ttcattggta agcatttcag
     3301 gatttgctaa agggttagat gattttttgt gaattccagc ccaagctgtc ttttgatata
     3361 tcccagttat aatttgttga tcaatttttg ccaaaatggg aggttctcca gttcttggta
     3421 ttattattgg tttaacctta ttattaccac cattagtcga tatttttgaa attgccaaag
     3481 gagctaaaaa ttcattatga atttttgatg tagcaccaac atttgacttt ggagcatgaa
     3541 gttttccatg aaaaattcaa tatacaggac aagtaattcc aacaattgga gtagcctttt
     3601 ttggagttta tttagaaaaa ggattaaatc gaattgtcca cgctgtttta aaacaaattt
     3661 ttgtaccatt attaacaatt ttattatcgt ttacagttgg attatgctta attggtccag
     3721 ttggttatat tattggaagt gcaatttcag ttggattaag atgagcatta gttaatccaa
     3781 ttgcaaaata cttctttggt ccaattttag gattattata tgcaccaatt gtaattactg
     3841 gtgttcatac gatgcttaat gcagtaatga ttcaagatac agttcaaatt gggggaacct
     3901 ttatttttcc aattttatgt atttcaaata ttgcgcaagg aagtgcttcc ttgatgttta
     3961 ctattaataa tcgaaagaac cccaagatga aagaaattgg aatttctgcc acaacgtccg
     4021 cttgattagc agtgactgag ccagcattat atggaattaa tttacgtttt ctttatccat
     4081 tcttagcatc aattgttgga tcagcaagtg gtgcaatgtt attaacagtt gcaggagtaa
     4141 cttcaaatgg aattggaaat ggagcatgat taggaatttt atcaattcaa tcatttagtc
     4201 aagtccaagg tgttcaaaca tttattggta ccggatatac ttggtttatt cttagtgcac
     4261 tattaacaat gagtgtaaca atggccttaa catgattttt agaaaaactt ccacgtttta
     4321 caaagttacg agatgaaata ttacaagtta agggaacaag tttaattagt tttaaaaaac
     4381 aaccaaaagt ggttgaaaat attagtaaat aaatctttga aactgtagag gagattatca
     4441 atgaataaaa taaattttca agaagcgatt gtatatgaaa ttcatccgca atcgttttat
     4501 gacagtaatc atgatggtgt tggtgattta caaggaatta ttcaaaaatt agattattta
     4561 gcaatgttag gagttaatta tctatgatta aatccaattt atgtatcacc acaaaaagat
     4621 aatggttatg atgtttcaga ttacaaaaat attaatccac tttttgggac aatgaatgat
     4681 tttgaaatgt tagttacaga agctggaaag cgaaacattt atattatgat ggatatgatt
     4741 tttaatcatt gttcaacaga acatgaatga tttcaaaaag cacaaacagg gaatttagat
     4801 tacttacaac gatttttctt tcttcctggt gacaaagcaa agtgcccaaa taattggcaa
     4861 agtaagtttg gtggttcggt atgagaatat cacgatgaat taaaaatgtt ttatttacat
     4921 ttatttgata aaacacaagt tgatttaaat tgaaagaatg aaagtttacg ccaacatatt
     4981 tatcaaattg ttaattattg attacaaaaa ggggtgcgag gattacgatt tgatgttatt
     5041 aatttaattg gtaaaccaaa tatttttgaa aatgacttaa ctggtgatgg tcggaagtat
     5101 tatactgata caccacaagt tcatacatat ttacaagaaa tggcacagaa tacttattta
     5161 aaaacaaatg acattattac tgttggtgag ttatcatcaa catcaataaa acaagcgatt
     5221 ttatatacaa aaccagtgtc acaagaatta aatatggctt tcacttttca tcatttaaaa
     5281 attgattatt taaataatga aaaatgaaaa ttagctccct atgatccagc gaaactagta
     5341 gcaaaaatta aggaatgaca aatcccagta caagcagcag gtggctggtt agctaatttt
     5401 ttaaataacc atgatcaacc acgggcatta tctcgctttg gtgatccaga aaattatcgt
     5461 tttgaatcag ctacagcttt agcggctgtt gtcttgttac tacgaggaac accatatctt
     5521 tatcaagggg aagaatttgg tatggaaaat aataattata caaagattga acagttaaaa
     5581 gatgttgaat caattaatta ttatcacatt cttcaaaaag aaggagaaca accaaatgct
     5641 attttagaag tgttaagtgc acgctcacgt gataatgctc gtactccaat gcaatgaaat
     5701 aatcagcaat ttgctggttt tagtacgcat aaaccttgaa ttgatgttaa tacaaattat
     5761 ttaaaaatta attgagaaaa agattatcat agttcgcaat caatttttaa agcttatcaa
     5821 atgttaattc aacttcgtaa aaataatctt gcctttagtt atggcgaaat tgaatttgtt
     5881 gaaattgatc caacaatatt aagtttttat cgttattatg aaaaaaacaa atttttagta
     5941 ttaattaatt tatctgatca aacaattatg attccagata atttattgtc tgaaaaaaca
     6001 atttataaca attattcaac ttttgaaaaa aaaattaatc cttatcaagt tattgtgttt
     6061 gattatttaa tggcaaaatc atttaaataa taaaaccctt tttaaatgaa ataaatctag
     6121 tccaatttta gcaattaaat cattaataca attttgaatg tttctatttc ttgcaatgat
     6181 tggttttcaa tgtattagta
//
