SUMMARISING RUN PARAMETERS ========================== Input filename: Dry2014_1.fastq.gz Trimming mode: paired-end Trim Galore version: 0.6.0 Cutadapt version: 2.6.dev42+gbd31618 Python version: 3.6.9 Number of cores used for trimming: 36 Quality Phred score cutoff: 20 Quality encoding type selected: ASCII+33 Adapter sequence: 'AGATCGGAAGAGC' (Illumina TruSeq, Sanger iPCR; user defined) Maximum trimming error rate: 0.1 (default) Minimum required adapter overlap (stringency): 1 bp Minimum required sequence length for both reads before a sequence pair gets removed: 20 bp Output file will be GZIP compressed This is cutadapt 2.6.dev42+gbd31618 with Python 3.6.9 Command line parameters: -j 36 -e 0.1 -q 20 -O 1 -a AGATCGGAAGAGC Dry2014_1.fastq.gz Processing reads on 36 cores in single-end mode ... Finished in 146.14 s (3 us/read; 19.89 M reads/minute). === Summary === Total reads processed: 48,444,732 Reads with adapters: 16,527,636 (34.1%) Reads written (passing filters): 48,444,732 (100.0%) Total basepairs processed: 6,744,772,165 bp Quality-trimmed: 0 bp (0.0%) Total written (filtered): 6,722,362,452 bp (99.7%) === Adapter 1 === Sequence: AGATCGGAAGAGC; Type: regular 3'; Length: 13; Trimmed: 16527636 times. No. of allowed errors: 0-9 bp: 0; 10-13 bp: 1 Bases preceding removed adapters: A: 35.3% C: 24.7% G: 18.3% T: 21.7% none/other: 0.0% Overview of removed sequences length count expect max.err error counts 1 12639781 12111183.0 0 12639781 2 2735169 3027795.8 0 2735169 3 857437 756948.9 0 857437 4 237930 189237.2 0 237930 5 36549 47309.3 0 36549 6 8473 11827.3 0 8473 7 1820 2956.8 0 1820 8 402 739.2 0 402 9 1338 184.8 0 118 1220 10 1630 46.2 1 26 1604 11 423 11.6 1 0 423 12 146 2.9 1 0 146 13 58 0.7 1 0 58 14 56 0.7 1 0 56 15 50 0.7 1 0 50 16 57 0.7 1 0 57 17 42 0.7 1 0 42 18 51 0.7 1 1 50 19 61 0.7 1 1 60 20 65 0.7 1 0 65 21 41 0.7 1 0 41 22 47 0.7 1 0 47 23 61 0.7 1 0 61 24 74 0.7 1 0 74 25 65 0.7 1 0 65 26 49 0.7 1 0 49 27 59 0.7 1 0 59 28 54 0.7 1 0 54 29 48 0.7 1 0 48 30 52 0.7 1 0 52 31 57 0.7 1 0 57 32 53 0.7 1 0 53 33 65 0.7 1 0 65 34 43 0.7 1 0 43 35 35 0.7 1 0 35 36 57 0.7 1 0 57 37 46 0.7 1 0 46 38 65 0.7 1 0 65 39 54 0.7 1 2 52 40 47 0.7 1 0 47 41 48 0.7 1 0 48 42 61 0.7 1 0 61 43 38 0.7 1 0 38 44 53 0.7 1 0 53 45 40 0.7 1 0 40 46 42 0.7 1 0 42 47 44 0.7 1 1 43 48 69 0.7 1 0 69 49 41 0.7 1 0 41 50 54 0.7 1 0 54 51 45 0.7 1 0 45 52 42 0.7 1 0 42 53 56 0.7 1 0 56 54 69 0.7 1 0 69 55 52 0.7 1 1 51 56 58 0.7 1 0 58 57 54 0.7 1 0 54 58 60 0.7 1 1 59 59 52 0.7 1 1 51 60 53 0.7 1 0 53 61 55 0.7 1 0 55 62 51 0.7 1 0 51 63 64 0.7 1 0 64 64 46 0.7 1 0 46 65 43 0.7 1 0 43 66 62 0.7 1 0 62 67 55 0.7 1 0 55 68 62 0.7 1 0 62 69 54 0.7 1 1 53 70 44 0.7 1 0 44 71 41 0.7 1 0 41 72 67 0.7 1 0 67 73 46 0.7 1 0 46 74 48 0.7 1 0 48 75 66 0.7 1 0 66 76 50 0.7 1 0 50 77 51 0.7 1 0 51 78 44 0.7 1 0 44 79 45 0.7 1 0 45 80 50 0.7 1 0 50 81 53 0.7 1 0 53 82 39 0.7 1 0 39 83 49 0.7 1 0 49 84 51 0.7 1 0 51 85 48 0.7 1 0 48 86 51 0.7 1 0 51 87 53 0.7 1 0 53 88 39 0.7 1 0 39 89 44 0.7 1 0 44 90 43 0.7 1 0 43 91 53 0.7 1 0 53 92 40 0.7 1 0 40 93 54 0.7 1 0 54 94 43 0.7 1 0 43 95 54 0.7 1 0 54 96 56 0.7 1 0 56 97 48 0.7 1 0 48 98 40 0.7 1 0 40 99 59 0.7 1 0 59 100 56 0.7 1 1 55 101 64 0.7 1 0 64 102 54 0.7 1 0 54 103 59 0.7 1 1 58 104 43 0.7 1 0 43 105 50 0.7 1 0 50 106 49 0.7 1 1 48 107 48 0.7 1 0 48 108 48 0.7 1 0 48 109 54 0.7 1 0 54 110 47 0.7 1 0 47 111 51 0.7 1 0 51 112 53 0.7 1 0 53 113 40 0.7 1 0 40 114 60 0.7 1 0 60 115 44 0.7 1 1 43 116 43 0.7 1 1 42 117 53 0.7 1 0 53 118 62 0.7 1 0 62 119 51 0.7 1 0 51 120 59 0.7 1 0 59 121 61 0.7 1 0 61 122 59 0.7 1 0 59 123 52 0.7 1 0 52 124 36 0.7 1 0 36 125 56 0.7 1 0 56 126 58 0.7 1 0 58 127 37 0.7 1 0 37 128 32 0.7 1 0 32 129 50 0.7 1 0 50 130 37 0.7 1 0 37 131 111 0.7 1 0 111 132 30 0.7 1 0 30 133 38 0.7 1 0 38 134 22 0.7 1 0 22 135 38 0.7 1 0 38 136 35 0.7 1 0 35 137 35 0.7 1 0 35 138 20 0.7 1 0 20 139 21 0.7 1 0 21 140 55 0.7 1 0 55 141 18 0.7 1 0 18 142 10 0.7 1 0 10 143 2 0.7 1 0 2 144 5 0.7 1 0 5 145 9 0.7 1 0 9 146 19 0.7 1 0 19 RUN STATISTICS FOR INPUT FILE: Dry2014_1.fastq.gz ============================================= 48444732 sequences processed in total